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- PDB-2rnb: Solution structure of human Cu(I)Cox17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnb
タイトルSolution structure of human Cu(I)Cox17
要素Cytochrome c oxidase copper chaperone
キーワードMETAL TRANSPORT / coiled coil-helix-coiled coil-helix domain / copper binding protein / alpha-hairpin fold / Chaperone / Metal-binding / Mitochondrion
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / copper chaperone activity / mitochondrial respiratory chain complex IV assembly / Mitochondrial protein import / cuprous ion binding / mitochondrial intermembrane space / enzyme activator activity / heart development / copper ion binding / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase copper chaperone / Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) / CytochromE C oxidase copper chaperone / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Cytochrome c oxidase copper chaperone
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Janicka, A. / Martinelli, M. / Kozlowski, H. / Palumaa, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A structural-dynamical characterization of human cox17
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Janicka, A. / Martinelli, M. / Kozlowski, H. / Palumaa, P.
履歴
登録2007年12月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase copper chaperone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3842
ポリマ－7,3211
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase copper chaperone / Cox17


分子量: 7320.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COX17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q14061
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1233D CBCA(CO)NH
1333D HN(CA)CB
1433D HNCA
1533D HN(CO)CA
1633D (H)CCH-TOCSY
1733D HBHA(CO)NH
1823D 1H-15N NOESY
1933D 1H-13C NOESY
11012D 1H-1H NOESY
11112D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1mM Cox17; 0.5-1mM COPPER (I) ION; 1mM DTT; 50mM potassium phosphate; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1mM [U-100% 15N] Cox17; 0.5-1mM COPPER (I) ION; 1mM DTT; 50mM potassium phosphate; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5-1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cox17; 0.5-1mM COPPER (I) ION; 1mM DTT; 50mM potassium phosphate; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCox171
0.5 mMCOPPER (I) ION1
1 mMDTT1
50 mMpotassium phosphate1
0.5 mMCox17[U-100% 15N]2
0.5 mMCOPPER (I) ION2
1 mMDTT2
50 mMpotassium phosphate2
0.5 mMCox17[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.5 mMCOPPER (I) ION3
1 mMDTT3
50 mMpotassium phosphate3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ATNOSHerrmann, Guntert, Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichnoes assignment
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Koll精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
WHAT IFVriendデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NMR refinement is based on NOE-derived distance restraints and torsion angle restraints
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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