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- PDB-2rmf: Human Urocortin 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rmf
タイトルHuman Urocortin 1
要素Urocortin
キーワードHORMONE / CRF ligand / Sauvagine / Astressin2B / Urocortins / Urotensins / CRF receptors / Amidation / Cleavage on pair of basic residues / Secreted / NEUROPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase inhibitor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / varicosity / negative regulation of hormone secretion / drinking behavior / response to auditory stimulus / negative regulation of appetite / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding ...histone deacetylase inhibitor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / varicosity / negative regulation of hormone secretion / drinking behavior / response to auditory stimulus / negative regulation of appetite / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide hormone activity / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of cell size / Class B/2 (Secretin family receptors) / response to pain / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / startle response / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of collagen biosynthetic process / associative learning / social behavior / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / neuropeptide signaling pathway / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of blood pressure / axon terminus / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to glucocorticoid / aerobic respiration / positive regulation of translation / positive regulation of DNA replication / sensory perception of sound / female pregnancy / positive regulation of interleukin-6 production / vasodilation / neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cell growth / response to oxidative stress / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / dendrite / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1920 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Grace, C.R.R. / Perrin, M.H. / Cantle, J.P. / Vale, W.W. / Rivier, J.E. / Riek, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Common and divergent structural features of a series of corticotropin releasing factor-related peptides
著者: Grace, C.R.R. / Perrin, M.H. / Cantle, J.P. / Vale, W.W. / Rivier, J.E. / Riek, R.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urocortin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7031
ポリマ－4,7031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Urocortin / HUcn1


分子量: 4703.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-phase approach / 参照: UniProt: P55089

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.5mM Human Ucn1, DMSO / 溶媒系: DMSO
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: Human Ucn1
試料状態圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker INOVA / 製造業者: Bruker / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA1.0.6Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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