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万見
- PDB-2rm8: The solution structure of phototactic transducer protein HtrII li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rm8
タイトルThe solution structure of phototactic transducer protein HtrII linker region from Natronomonas pharaonis
要素Sensory rhodopsin II transducer
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN / Chemotaxis / Chromophore / Membrane / Methylation / Photoreceptor protein / Receptor / Sensory transduction / Transducer / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / lysozyme activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1910 / Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1910 / Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory rhodopsin II transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Hayashi, K. / Sudo, Y. / Jee, J. / Mishima, M. / Hara, H. / Kamo, N. / Kojima, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural Analysis of the Phototactic Transducer Protein HtrII Linker Region from Natronomonas pharaonis
著者: Hayashi, K. / Sudo, Y. / Jee, J. / Mishima, M. / Hara, H. / Kamo, N. / Kojima, C.
履歴
登録2007年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin II transducer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9541
ポリマ－7,9541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin II transducer / HTR-II / Methyl-accepting phototaxis protein II / MPP-II


分子量: 7953.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues UNP 100-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: htrII
Plasmid details: pHtrII(1-159) was expressed, and pHtrII(100-159) was obtained by trypsin digestion.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: P42259

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D HNCA
1413D HNCO
1513D HN(COCA)CB
1613D H(CCO)NH
1723D 1H-15N NOESY
1823D 1H-15N TOCSY
1913D H(CA)CONH
11013D (H)CCH-TOCSY
11122D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6-0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pHtrII(100-159), 10mM citric acid, 50mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6-0.8mM [U-15N] pHtrII(100-159), 10mM citric acid, 50mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMpHtrII(100-159)[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMcitric acid1
50 mMpotassium chloride1
10 %D2O[U-2H]1
0.6 mMpHtrII(100-159)[U-15N]2
10 mMcitric acid2
50 mMpotassium chloride2
10 %D2O[U-2H]2
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 277 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxcollection of dihedral angles
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Koll精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 480 / NOE intraresidue total count: 209 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 74 / NOE sequential total count: 197 / Hydrogen bond constraints total count: 9 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 22 / Protein psi angle constraints total count: 22
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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