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- PDB-2rlk: Refined solution structure of porcine peptide YY (PYY) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rlk
タイトルRefined solution structure of porcine peptide YY (PYY)
要素Peptide YY
キーワードHORMONE / peptide hormone / helical hairpin / Amidation
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide Y receptor binding / hormone activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / Force-field minimization using AMBER
Model detailsrefined solution structure from 13C, 15N labeled peptide, including restraints derived from RDCs
データ登録者Neumoin, A. / Mares, J. / Lerch-Bader, M. / Bader, R. / Zerbe, O.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Probing the formation of stable tertiary structure in a model miniprotein at atomic resolution: determinants of stability of a helical hairpin
著者: Neumoin, A. / Mares, J. / Lerch-Bader, M. / Bader, R. / Zerbe, O.
履歴
登録2007年7月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide YY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2461
ポリマ－4,2461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest energy, good geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide YY / PYY / Peptide tyrosine tyrosine


分子量: 4245.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: PYY / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68005
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: refined solution structure from 13C,15N labeled peptide, including restraints derived from RDCs
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1413D 1H-15N TOCSY
1513D 1H-13C NOESY
1612D 1H-15N HSQC
1712D 1H-13C HSQC
1813D 1H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of NOE and residual dipolar coupling data.

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PYY, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: entity / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4.1 / 圧: ambient / 温度: 301 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
Amber6精密化
精密化手法: Force-field minimization using AMBER / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 381
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy, good geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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