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- PDB-2rk5: Crystal structure of a domain of the putative hemolysin from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rk5
タイトルCrystal structure of a domain of the putative hemolysin from Streptococcus mutans UA159
要素Putative hemolysin
キーワードTOXIN / Hemolysin / Structural genomics / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 ...Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative hemolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhang, R. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a domain of the putative hemolysin from Streptococcus mutans UA159.
著者: Zhang, R. / Clancy, S. / Li, H. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8641
ポリマ－9,8641
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Putative hemolysin

A: Putative hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7282
ポリマ－19,7282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.490, 40.598, 57.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

HOH

21A-107-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative hemolysin


分子量: 9863.854 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain: Residues 352-436 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
生物種: Streptococcus mutans / 株: UA159 / Serotype c / 遺伝子: hlyX, SMU_1693 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O68574
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 0.05M MgCl2, 30% PEG MME350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→57.64 Å / Num. all: 12230 / Num. obs: 12082 / % possible obs: 98.72 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 92.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→57.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.109 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23684 625 4.9 %RANDOM
Rwork0.17887 ---
obs0.18182 12082 98.79 %-
all-12082 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.48 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----0.57 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.055 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→57.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数705 0 0 100 805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.953971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93231157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.734589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.34125.78938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20615131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.776153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3840.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7471.5565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6771.5180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2832711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0563321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4054.5260
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.1093751
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.089393
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.0783711
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 40 -
Rwork0.21 815 -
obs--92.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.486 Å / Origin y: 37.748 Å / Origin z: 16.445 Å
111213212223313233
T-0.0113 Å2-0.0033 Å2-0.011 Å2--0.0078 Å20.0026 Å2---0.0233 Å2
L0.7366 °2-0.1722 °2-0.0665 °2-0.4373 °2-0.1698 °2--0.838 °2
S0.0117 Å °0.0318 Å °-0.0117 Å °0.0061 Å °0.0172 Å °0.0189 Å °-0.0094 Å °-0.0199 Å °-0.0289 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 431 - 41
2X-RAY DIFFRACTION1AA44 - 7042 - 68
3X-RAY DIFFRACTION1AA71 - 8869 - 86
4X-RAY DIFFRACTION1AB101 - 2001 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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