[日本語] English
万見
- PDB-2rhq: PheRS from Staphylococcus haemolyticus- rational protein engineer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rhq
タイトルPheRS from Staphylococcus haemolyticus- rational protein engineering and inhibitor studies
要素
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
キーワードLIGASE / heterotetramer / phenylalanine / tRNA / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Cytoplasm / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / RNA-binding / tRNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / transferase activity / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GAX / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Evdokimov, A.G. / Mekel, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Rational protein engineering in action: the first crystal structure of a phenylalanine tRNA synthetase from Staphylococcus haemolyticus.
著者: Evdokimov, A.G. / Mekel, M. / Hutchings, K. / Narasimhan, L. / Holler, T. / McGrath, T. / Beattie, B. / Fauman, E. / Yan, C. / Heaslet, H. / Walter, R. / Finzel, B. / Ohren, J. / McConnell, P. ...著者: Evdokimov, A.G. / Mekel, M. / Hutchings, K. / Narasimhan, L. / Holler, T. / McGrath, T. / Beattie, B. / Fauman, E. / Yan, C. / Heaslet, H. / Walter, R. / Finzel, B. / Ohren, J. / McConnell, P. / Braden, T. / Sun, F. / Spessard, C. / Banotai, C. / Al-Kassim, L. / Ma, W. / Wengender, P. / Kole, D. / Garceau, N. / Toogood, P. / Liu, J.
履歴
登録2007年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1134
ポリマ－121,6032
非ポリマー5102
水6,287349
1
A: Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
ヘテロ分子

A: Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,2268
ポリマ－243,2064
非ポリマー1,0204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.312, 87.602, 61.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain / Phenylalanine--tRNA ligase alpha chain / PheRS


分子量: 33395.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
遺伝子: pheS / プラスミド: pET15 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-AI / 参照: UniProt: Q4L5E3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain / Phenylalanine--tRNA ligase beta chain / PheRS


分子量: 88207.195 Da / 分子数: 1 / Mutation: D34N, D58G, A59S, D60G, Q144P, Q795E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
遺伝子: pheT / プラスミド: pET15 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-AI / 参照: UniProt: Q4L5E4, phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GAX / 1-{3-[(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)sulfonyl]phenyl}-3-(1,3-thiazol-2-yl)urea


分子量: 444.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N6O3S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG3350, 0.4M sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: Si monochromator
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.6 Å / Num. all: 62893 / Num. obs: 62893 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.91
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 6217 / % possible all: 76.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.2→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.754 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3192 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.2 62889 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.66 Å20 Å2-0.73 Å2
2--2.91 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8335 0 31 349 8715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.97311531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.745318066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.73451065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.08425.074406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.078151518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8311551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.31825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.38263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.54070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.54973
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2390.5639
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1710.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.3160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2890.530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5281.56691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0331.52165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.33928552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.48633662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.5154.52973
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 189 -
Rwork0.265 3336 -
all-3525 -
obs--72.83 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る