PDB-2rfb: Crystal Structure of a Cytochrome P450 from the Thermoacidophilic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rfb

タイトル

Crystal Structure of a Cytochrome P450 from the Thermoacidophilic Archaeon Picrophilus Torridus

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 THERMOPHILE / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Picrophilus torridus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ho, W.W. / Li, H. / Poulos, T.L. / Nishida, C.R. / Ortiz de Montellano, P.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure and Properties of CYP231A2 from the Thermoacidophilic Archaeon Picrophilus torridus.
著者: Ho, W.W. / Li, H. / Nishida, C.R. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2007年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rfb.cif.gz	216.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rfb.ent.gz	174.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rfb_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rfb_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2rfb_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	2rfb_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rfcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rqd-d 3cy1-d 2ij5-3 4lht-2 3e5k-d 4ktj-d 6rq5-d 6ut1-d 3rwl-d 3bdz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

B: Cytochrome P450

C: Cytochrome P450

ヘテロ分子

121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.790, 168.460, 88.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 39614.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Picrophilus torridus (古細菌) / プラスミド: pCWori / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6KZ68, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 2% polyethylene glycol 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.7400, 1.6475

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月17日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.74	1
2	1.6475	1

反射

解像度: 2.5→48.51 Å / Num. obs: 48305 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 31.1

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.661 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 20.72 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26844	2414	5 %	RANDOM
R_work	0.21147	-	-	-
obs	0.21434	45855	98.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.18 Å²	0 Å²	-2.13 Å²
2-	-	2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8181	0	149	135	8465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	8510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	2.016	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.558	5	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.575	24.412	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.58	15	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.976	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	5759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.264	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.727	1.5	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.234	2	8128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.733	3	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.574	4.5	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.495→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	152	-
R_work	0.302	3327	-
obs	-	-	95.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8558	0.4318	-0.2203	1.5456	-0.0974	2.7647	0.0106	-0.5086	-0.1521	0.1418	-0.0488	0.001	-0.0548	0.0309	0.0382	-0.4119	0.0657	0.0331	-0.3348	0.0242	-0.2694	-14.0786	33.2443	-42.8779
2	2.8836	-0.537	1.9868	2.4499	0.5422	7.5056	-0.1718	-0.0945	-0.0449	-0.2589	-0.2141	0.2967	-0.3178	-1.0376	0.3859	-0.0968	0.0754	-0.0043	-0.022	-0.1001	-0.1361	-16.513	54.805	-83.8507
3	3.1681	0.0407	-0.0734	3.992	0.9181	2.3887	0.0558	0.0775	-0.0828	0.3072	0.301	-0.1578	0.3879	0.3977	-0.3569	0.3087	0.1949	-0.3147	-0.1587	-0.2454	0.1292	1.4523	81.3368	-40.989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 352
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 352
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 352

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)