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- PDB-2rdl: Hamster Chymase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdl
タイトルHamster Chymase 2
要素
  • Chymase 2
  • METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CHYMASE 2 / SERINE PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methoxysuccinyl-alanyl-alanyl-prolyl-alanine chloromethyl ketone / Chymase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Spurlino, J. / Abad, M. / Kervinen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for elastolytic substrate specificity in rodent alpha-chymases.
著者: Kervinen, J. / Abad, M. / Crysler, C. / Kolpak, M. / Mahan, A.D. / Masucci, J.A. / Bayoumy, S. / Cummings, M.D. / Yao, X. / Olson, M. / de Garavilla, L. / Kuo, L. / Deckman, I. / Spurlino, J.
履歴
登録2007年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymase 2
B: Chymase 2
I: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
J: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0478
ポリマ－51,6634
非ポリマー3844
水2,288127
1
A: Chymase 2
I: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
ヘテロ分子

B: Chymase 2
J: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0478
ポリマ－51,6634
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3670 Å2
手法PISA
2
A: Chymase 2
I: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0244
ポリマ－25,8312
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
手法PISA
3
B: Chymase 2
J: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0244
ポリマ－25,8312
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.272, 71.272, 198.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Chymase 2


分子量: 25354.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O70164
#2: タンパク質・ペプチド METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 476.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
参照: methoxysuccinyl-alanyl-alanyl-prolyl-alanine chloromethyl ketone
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR (CHAINS I,J) IS METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA- ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR (CHAINS I,J) IS METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-ALA-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO SER 195 FORMING A HEMIKETAL ALV AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS 57

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 0.2 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 18529 / Biso Wilson estimate: 25.661 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.5→35 Å / FOM work R set: 0.847 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 948 5.12 %
Rwork0.186 --
obs-18529 99.96 %
溶媒の処理Bsol: 34.569 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 89.85 Å2 / Biso mean: 22.2 Å2 / Biso min: 6.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.119 Å20 Å2-0 Å2
2--0.119 Å20 Å2
3----0.239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3620 0 20 127 3767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7081
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0921
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.5-2.5240.196494X-RAY DIFFRACTION3594
2.524-2.550.183485X-RAY DIFFRACTION3594
2.55-2.5760.189486X-RAY DIFFRACTION3594
2.576-2.6030.177473X-RAY DIFFRACTION3595
2.603-2.6320.206493X-RAY DIFFRACTION3594
2.632-2.6620.202486X-RAY DIFFRACTION3593
2.662-2.6930.197476X-RAY DIFFRACTION3597
2.693-2.7260.202505X-RAY DIFFRACTION3595
2.726-2.7610.211481X-RAY DIFFRACTION3594
2.761-2.7970.195497X-RAY DIFFRACTION3594
2.797-2.8350.216485X-RAY DIFFRACTION3595
2.835-2.8760.219495X-RAY DIFFRACTION3595
2.876-2.9190.219479X-RAY DIFFRACTION3594
2.919-2.9640.198507X-RAY DIFFRACTION3594
2.964-3.0130.191487X-RAY DIFFRACTION3595
3.013-3.0650.203498X-RAY DIFFRACTION3594
3.065-3.120.209486X-RAY DIFFRACTION3595
3.12-3.180.192492X-RAY DIFFRACTION3595
3.18-3.2450.194519X-RAY DIFFRACTION3597
3.245-3.3160.177476X-RAY DIFFRACTION3593
3.316-3.3930.185519X-RAY DIFFRACTION3596
3.393-3.4770.171498X-RAY DIFFRACTION3596
3.477-3.5720.158497X-RAY DIFFRACTION3594
3.572-3.6770.169481X-RAY DIFFRACTION3594
3.677-3.7950.157510X-RAY DIFFRACTION3596
3.795-3.9310.152502X-RAY DIFFRACTION3595
3.931-4.0880.162511X-RAY DIFFRACTION3596
4.088-4.2730.147506X-RAY DIFFRACTION3595
4.273-4.4980.148516X-RAY DIFFRACTION3595
4.498-4.7790.147512X-RAY DIFFRACTION3595
4.779-5.1470.167530X-RAY DIFFRACTION3596
5.147-5.6630.168521X-RAY DIFFRACTION3596
5.663-6.4790.201542X-RAY DIFFRACTION3596
6.479-8.1460.223538X-RAY DIFFRACTION3595
8.146-35.370.235598X-RAY DIFFRACTION3595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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