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万見
- PDB-2rdf: Crystal Structure of staphyloccocal nuclease VIAGAN/E75A variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdf
タイトルCrystal Structure of staphyloccocal nuclease VIAGAN/E75A variant at cryogenic temperature
要素Thermonuclease
キーワードHYDROLASE / staphylococcal nuclease / long-range interactions / histidine / hyperstable variant / Calcium / Endonuclease / Membrane / Metal-binding / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Thermonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Baran, K. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno, B.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Electrostatic effects in a network of polar and ionizable groups in staphylococcal nuclease.
著者: Baran, K.L. / Chimenti, M.S. / Schlessman, J.L. / Fitch, C.A. / Herbst, K.J. / Garcia-Moreno, B.E.
履歴
登録2007年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8172
ポリマ－16,7221
非ポリマー951
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.564, 48.564, 63.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Thermonuclease / TNase / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease


分子量: 16722.326 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease A / 変異: E75A,D21N,T33V,T41I,S59A,P117G,S128A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: nuc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR140 / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 37% MPD, 25 mM potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月20日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 9870 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 13.1 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1EZ6 in which all waters were removed, all B's set to 20.00 A^2, and E75A

1ez6


解像度: 2.01→48.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1013 10.3 %random
Rwork0.218 ---
all0.232 9845 --
obs0.232 9743 99 %-
溶媒の処理Bsol: 51.175 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.216 Å20 Å20 Å2
2---4.216 Å20 Å2
3---8.432 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数994 0 5 72 1071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3592.5
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.04 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 51 -
Rwork0.262 --
obs-481 99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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