PDB-2rcz: Structure of the second PDZ domain of ZO-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rcz

タイトル

Structure of the second PDZ domain of ZO-1

要素

Tight junction protein ZO-1

キーワード

PROTEIN BINDING / PDZ / domain-swapping / Cell junction / Membrane / Phosphorylation / SH3 domain / Tight junction

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of endothelial intestinal barrier / protein localization to cell-cell junction / regulation of cell junction assembly / Regulation of gap junction activity / protein localization to adherens junction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lavie, A. / Lye, M.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Domain swapping within PDZ2 is responsible for dimerization of ZO proteins.
著者: Fanning, A.S. / Lye, M.F. / Anderson, J.M. / Lavie, A.

履歴

登録	2007年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rcz.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rcz.ent.gz	31.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3sh6-d 5czu-d 6c48-2 7d7s-1 6fx9-d 3af7-d 3fi6-d 1bb9-1 6enw-d 2w0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tight junction protein ZO-1

B: Tight junction protein ZO-1

18 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.750, 33.610, 91.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.640, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tight junction protein ZO-1 / Zonula occludens 1 protein / Zona occludens 1 protein / Tight junction protein 1 分子量: 9003.305 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TJP1, ZO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07157
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M Phosphate-citrate, pH 4.2 and 40 % v/v PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→18.8 Å / Num. obs: 15592 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 32.327 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.82

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.7-1.8		0.558	4	8937	2440	99.8
1.8-1.9		0.377	5.4	7140	1937	99.6
1.9-2		0.188	7.4	5910	1606	99.5
2-2.5		0.087	10.5	17230	4665	99.7
2.5-3		0.098	15.5	13261	2096	99.9
3-4		0.076	19.4	10539	1659	99.9
4-6		0.069	19.7	4705	884	99.3
6-10		0.07	18.1	1178	261	89.1
10-15		0.094	16	111	33	52.4
	15	0.076	13.6	21	11	40.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.4 Å
Translation	2.5 Å	29.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→18.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 5.337 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	1551	10 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.209	15583	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.103 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1199	0	0	103	1302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.981	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.76	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.976	25.455	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.225	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.681	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.342	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.205	1.5	809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.801	2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.85	3	425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.743	4.5	354

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	116	-
R_work	0.215	1019	-
all	-	1135	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6838	-1.7962	0.9676	6.6214	-4.9762	5.2035	-0.0087	0.1562	0.2033	0.1271	0.2038	0.135	-0.1967	-0.1222	-0.195	-0.0503	0.0306	-0.0075	-0.0083	0.0135	0.0441	-4.883	37.187	10.965
2	1.4778	0.5908	-0.3998	2.4567	-1.5717	4.8331	0.0175	-0.2165	-0.1227	0.0063	-0.1122	-0.0665	-0.0879	-0.0003	0.0947	-0.0358	0.0915	-0.0082	0.0502	-0.0058	-0.0257	-1.227	18.454	31.706
3	1.1127	-0.0514	0.1416	2.2457	-2.7832	4.4428	0.0656	-0.289	-0.0961	0.0953	-0.0926	0.0025	0.0488	0.227	0.027	0.0017	0.0863	-0.0001	0.0474	0.0106	0.0025	0.633	17.11	31.981
4	2.1231	-0.4121	0.1933	3.6777	-1.5326	2.6721	-0.0622	0.1761	0.0102	0.0762	0.0712	0.0112	-0.0029	0.0695	-0.009	-0.0779	0.0491	0.0192	-0.0248	-0.0173	0.029	-2.187	34.882	11.995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	184 - 209	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	210 - 262	27 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	184 - 209	1 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	210 - 264	27 - 81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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