PDB-2rcf: Carboxysome Shell protein, OrfA from H. Neapolitanus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rcf

タイトル

Carboxysome Shell protein, OrfA from H. Neapolitanus

要素

Unidentified carboxysome polypeptide

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / cyclic pentamer

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxysome / carbon fixation
類似検索 - 分子機能

生物種

Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Atomic-level models of the bacterial carboxysome shell.
著者: Tanaka, S. / Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Cai, F. / Heinhorst, S. / Cannon, G.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2007年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rcf.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rcf.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rcf_validation.pdf.gz	479.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rcf_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	2rcf_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	2rcf_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rcf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qw7SC 3bn4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qnl-1 6jy5-d 5z9j-4 4x9c-d 2qtx-2 5ysm-d 3q7m-d 6g5q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Unidentified carboxysome polypeptide

B: Unidentified carboxysome polypeptide

C: Unidentified carboxysome polypeptide

D: Unidentified carboxysome polypeptide

E: Unidentified carboxysome polypeptide

ヘテロ分子

50.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.933, 86.780, 35.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	A
7	1	B
8	1	C
9	1	D
10	1	E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	4	A	A	32 - 55	32 - 55
2	1	GLY	GLY	SER	SER	4	B	B	32 - 55	32 - 55
3	1	GLY	GLY	SER	SER	4	C	C	32 - 55	32 - 55
4	1	GLY	GLY	SER	SER	4	D	D	32 - 55	32 - 55
5	1	GLY	GLY	SER	SER	4	E	E	32 - 55	32 - 55
6	2	SER	SER	ILE	ILE	5	A	A	56 - 77	56 - 77
7	2	SER	SER	ILE	ILE	5	B	B	56 - 77	56 - 77
8	2	SER	SER	ILE	ILE	5	C	C	56 - 77	56 - 77
9	2	SER	SER	ILE	ILE	5	D	D	56 - 77	56 - 77
10	2	SER	SER	ILE	ILE	5	E	E	56 - 77	56 - 77

#1: タンパク質	Unidentified carboxysome polypeptide 分子量: 9971.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌) 遺伝子: ORFA / プラスミド: pET-22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O85043
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→90 Å / Num. obs: 20056 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.175 / Χ²: 1.057 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.23	6.7	0.507	2004	1.09	1	99
2.23-2.32	7	0.434	1966	1.08	1	99.6
2.32-2.42	7.2	0.398	1983	1.059	1	99.6
2.42-2.55	7.3	0.358	2010	1.021	1	99.7
2.55-2.71	7.3	0.288	2015	1.098	1	99.7
2.71-2.92	7.4	0.22	1999	1.031	1	99.8
2.92-3.21	7.3	0.164	2014	1.09	1	99.8
3.21-3.68	7.3	0.128	1977	1.135	1	99.9
3.68-4.63	7.1	0.106	2018	1.004	1	100
4.63-90	7.1	0.101	2070	0.966	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CRYSTAL STRUCTURE OF CCML PDB ID 2QW7

2qw7

解像度: 2.15→43.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 10.751 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1022	5.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.187	20042	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.161 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3015	0	19	267	3301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.001	1.967	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.777	3	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.677	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.59	24.653	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.708	15	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.479	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.229	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.282	2	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.249	2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.795	3	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.168	2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.652	3	955

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	402	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
2	B	402	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
3	C	402	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
4	D	402	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
5	E	402	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
1	A	132	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
2	B	132	LOOSE POSITIONAL	0.57	5
3	C	132	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
4	D	132	LOOSE POSITIONAL	0.42	5
5	E	132	LOOSE POSITIONAL	0.34	5
1	A	402	MEDIUM THERMAL	0.42	2
2	B	402	MEDIUM THERMAL	0.32	2
3	C	402	MEDIUM THERMAL	0.34	2
4	D	402	MEDIUM THERMAL	0.31	2
5	E	402	MEDIUM THERMAL	0.38	2
1	A	132	LOOSE THERMAL	2.74	10
2	B	132	LOOSE THERMAL	1.1	10
3	C	132	LOOSE THERMAL	0.94	10
4	D	132	LOOSE THERMAL	0.99	10
5	E	132	LOOSE THERMAL	1.4	10

LS精密化シェル

解像度: 2.155→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	73	-
R_work	0.209	1322	-
all	-	1395	-
obs	-	-	93.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7697	-0.4401	-0.5396	3.2659	0.8177	1.9804	0.0554	-0.0643	-0.0293	-0.0746	-0.0745	-0.1261	0.0001	0.0836	0.0191	-0.068	0.0042	-0.0154	-0.0368	0.0022	-0.0145	-0.5635	-13.4671	-5.9275
2	3.0059	0.1868	0.4619	1.1233	0.6371	1.8983	-0.0309	0.0051	-0.1201	-0.0202	0.0171	-0.0124	0.1163	-0.0912	0.0138	-0.0292	-0.0201	-0.0044	-0.0808	0.0195	-0.0471	-17.2907	-22.2867	-5.3833
3	0.9213	-0.5115	0.116	2.4915	-0.1728	1.81	-0.0293	0.0252	-0.0053	-0.0538	0.0287	0.186	-0.1016	-0.2158	0.0006	-0.071	-0.0236	0.0022	0.0009	0.0161	-0.0196	-31.8576	-9.229	-5.411
4	1.4109	0.7279	-0.0438	2.151	-0.8366	2.1718	-0.0008	-0.0015	0.0841	-0.0313	0.0088	0.0888	-0.0408	-0.1192	-0.008	-0.0275	0.0467	0.0111	-0.0494	-0.0201	-0.0438	-24.5136	8.3403	-4.9872
5	2.5844	-0.2643	-1.0472	1.0102	0.6997	2.349	-0.0149	0.0194	-0.0119	-0.0563	0.0255	-0.0519	-0.0526	0.1553	-0.0106	-0.031	-0.0347	-0.0171	-0.0583	-0.0137	-0.0333	-4.7014	7.0592	-5.3644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 82	1 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 81	1 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 81	1 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 80	1 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 80	1 - 80

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関連情報:EMDBヘッダ

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