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万見
- PDB-2rbl: High resolution design of a protein loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rbl
タイトルHigh resolution design of a protein loop
要素Tenascin
キーワードCELL ADHESION / Beta sheet / loop design / Alternative splicing / Coiled coil / EGF-like domain / Extracellular matrix / Glycoprotein / Phosphorylation / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D ...perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / neuromuscular junction development / odontogenesis of dentin-containing tooth / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / response to mechanical stimulus / cellular response to retinoic acid / regulation of cell migration / morphogenesis of an epithelium / regulation of cell growth / Post-translational protein phosphorylation / response to wounding / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / integrin binding / regulation of inflammatory response / collagen-containing extracellular matrix / response to ethanol / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / N-terminal domain of TfIIb - #10 ...Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / N-terminal domain of TfIIb - #10 / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / N-terminal domain of TfIIb / Epidermal growth factor-like domain. / Single Sheet / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hu, X. / Wang, H. / Ke, H. / Kuhlman, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: High-resolution design of a protein loop.
著者: Hu, X. / Wang, H. / Ke, H. / Kuhlman, B.
履歴
登録2007年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tenascin
B: Tenascin
M: Tenascin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9463
ポリマ－34,9463
非ポリマー00
水00
1
A: Tenascin
B: Tenascin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2982
ポリマ－23,2982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
手法PISA
2
M: Tenascin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6491
ポリマ－11,6491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.200, 137.200, 86.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Tenascin / TN / Tenascin-C / TN-C / Hexabrachion / Cytotactin / Neuronectin / GMEM / JI / Myotendinous antigen ...TN / Tenascin-C / TN-C / Hexabrachion / Cytotactin / Neuronectin / GMEM / JI / Myotendinous antigen / Glioma- associated-extracellular matrix antigen / GP 150-225


分子量: 11648.830 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 802-896 / 変異: M24F, P25K, S27L, Q28A, P29E, V30I, F33I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24821

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, pH = 3.0, 10% additive 0.1 M cupric chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15770 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1106 / % possible all: 60.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIcontrol programデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1TEN

1ten


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 19.528 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 752 5 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 14973 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.204 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 0 0 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0420.0222039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.331.9892774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9295253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.78326.45293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.25315363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.742159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.310.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.21315
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9751.51355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.85122108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7673816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6824.5666
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 32 -
Rwork0.285 752 -
obs--58.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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