+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ra6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Possum Milk Whey Lipocalin Trichosurin at pH 4.6 with Bound 4-ethylphenol | ||||||
![]() | Trichosurin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / beta Barrel / Glycoprotein / Milk protein / Secreted / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Watson, R.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure and ligand binding properties of trichosurin, a metatherian lipocalin from the milk whey of the common brushtail possum Trichosurus vulpecula 著者: Watson, R.P. / Demmer, J. / Baker, E.N. / Arcus, V.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 108.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 19709.904 Da / 分子数: 4 / 変異: G102E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET23a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 407分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ETY.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ETY.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-ETY / #5: 化合物 | ChemComp-IPA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100mM Sodium Acetate, 200mM ZnCl2, 8% 2-propanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.89 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 118308 / Num. obs: 117706 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2R74 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|