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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ra5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the putative transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor | ||||||
![]() | Putative transcriptional regulator![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the putative transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor. 著者: Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the biological unit of this protein is unknown |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27011.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Streptomyces coelicolor ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SRT / |
#3: 化合物 | ChemComp-IPA / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.514 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.735 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 6859 / Num. obs: 6859 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.8 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 513 / % possible all: 75.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: The structure represents proteolyzed fragments. Phenix program has also been used in refinement.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.685 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
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