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万見
- PDB-2ra5: Crystal structure of the putative transcriptional regulator from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ra5
タイトルCrystal structure of the putative transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor
要素Putative transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / beta structure / UTRA domain / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / : / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. ...UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / : / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / S,R MESO-TARTARIC ACID / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the putative transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor.
著者: Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2213
ポリマ－27,0111
非ポリマー2102
水93752
1
A: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4426
ポリマ－54,0222
非ポリマー4204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.768, 43.768, 170.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Authors state that the biological unit of this protein is unknown

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator


分子量: 27011.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
生物種: Streptomyces coelicolor / 株: A3(2), M145 / 遺伝子: SCO6256 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RKT6
#2: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.514 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.735 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 6859 / Num. obs: 6859 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.8 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 513 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.584 / ESU R Free: 0.333
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: The structure represents proteolyzed fragments. Phenix program has also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 675 9.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.225 6124 --
obs0.225 6124 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1188 0 0 66 1254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211223
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8041.9861661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6165156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17621.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.29815198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7991518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4460.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3250.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.4261.5767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.39721231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.2523456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.5364.5430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 28 -
Rwork0.322 337 -
obs-365 72.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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