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- PDB-2r94: Crystal Structure of KD(P)GA from T.tenax -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r94
タイトルCrystal Structure of KD(P)GA from T.tenax
要素2-Keto-3-deoxy-(6-phospho-)gluconate aldolase
キーワードLYASE / TIM barrel / aldolase / thermophilic / pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能
: / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate/2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoproteus tenax (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pauluhn, A. / Pohl, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and stereochemical studies of KD(P)G aldolase from Thermoproteus tenax.
著者: Pauluhn, A. / Ahmed, H. / Lorentzen, E. / Buchinger, S. / Schomburg, D. / Siebers, B. / Pohl, E.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-Keto-3-deoxy-(6-phospho-)gluconate aldolase
D: 2-Keto-3-deoxy-(6-phospho-)gluconate aldolase
B: 2-Keto-3-deoxy-(6-phospho-)gluconate aldolase
C: 2-Keto-3-deoxy-(6-phospho-)gluconate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4228
ポリマ－124,0694
非ポリマー3524
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11810 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area37390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.760, 149.760, 173.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 21 - 301 / Label seq-ID: 1 - 281

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BC
3CD
4DB

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要素

#1: タンパク質
2-Keto-3-deoxy-(6-phospho-)gluconate aldolase


分子量: 31017.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteus tenax (古細菌) / 株: kdgA / 遺伝子: kdgA / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q704D1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: HEPES/KOH, pH 7, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.95 Å / Num. all: 100116 / Num. obs: 100096 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 14.48
反射 シェル解像度: 2.2→2.5 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 5.02 / Num. unique all: 100096 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 1W3N

1w3n


解像度: 2.2→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.647 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 5005 5 %RANDOM
Rwork0.18535 ---
obs0.188 100094 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8660 0 20 315 8995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.97512022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.17551131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32822.865384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.097151400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6011581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.34572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3340.56314
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.5865
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7620.529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71725759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71739024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93623442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.04432998
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2143 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.410.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.480.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.510.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.630.5
1AMEDIUM THERMAL1.862
2BMEDIUM THERMAL2.062
3CMEDIUM THERMAL1.842
4DMEDIUM THERMAL1.492
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 363 -
Rwork0.247 6904 -
all-7267 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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