PDB-2r87: Crystal structure of PurP from Pyrococcus furiosus complexed with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r87

タイトル

Crystal structure of PurP from Pyrococcus furiosus complexed with ADP

要素

PurP protein PF1517

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / ATP-grasp superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

formate-phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide ligase / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and function of 5-formaminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide synthetase from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2007年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r87.cif.gz	414.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r87.ent.gz	338.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r87_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r87_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	2r87_validation.xml.gz	73.7 KB	表示
CIF形式データ	2r87_validation.cif.gz	101.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r7kSC 2r7lC 2r7mC 2r7nC 2r84C 2r85C 2r86C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2r84-2 5o68-2 5o65-d 2r86-2 2r84-1 2awn-1 1hg0-d 1lk5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PurP protein PF1517

B: PurP protein PF1517

C: PurP protein PF1517

D: PurP protein PF1517

E: PurP protein PF1517

F: PurP protein PF1517

ヘテロ分子

234 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PurP protein PF1517

B: PurP protein PF1517

C: PurP protein PF1517

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PurP protein PF1517

E: PurP protein PF1517

F: PurP protein PF1517

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.095, 127.222, 121.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 160	1 - 160
2	1	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 160	1 - 160
3	1	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 160	1 - 160
4	1	1	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 160	1 - 160
5	1	1	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 160	1 - 160
6	1	1	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 160	1 - 160
7	2	1	ILE	ILE	THR	THR	A	A	170 - 334	170 - 334
8	2	1	ILE	ILE	THR	THR	B	B	170 - 334	170 - 334
9	2	1	ILE	ILE	THR	THR	C	C	170 - 334	170 - 334
10	2	1	ILE	ILE	THR	THR	D	D	170 - 334	170 - 334
11	2	1	ILE	ILE	THR	THR	E	E	170 - 334	170 - 334
12	2	1	ILE	ILE	THR	THR	F	F	170 - 334	170 - 334
1	1	2	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	161 - 169	161 - 169
2	1	2	ILE	ILE	ASN	ASN	D	D	161 - 169	161 - 169
3	1	2	ILE	ILE	ASN	ASN	F	F	161 - 169	161 - 169
1	1	3	ILE	ILE	ASN	ASN	C	C	161 - 169	161 - 169
2	1	3	ILE	ILE	ASN	ASN	B	B	161 - 169	161 - 169
3	1	3	ILE	ILE	ASN	ASN	E	E	161 - 169	161 - 169

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

biological assembly is a hexamer or a trimer from the asymmetric unit

#1: タンパク質	PurP protein PF1517 分子量: 38348.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: T7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U0R7
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 10% 2-propanol, 200 mM Li2SO4, 100 mM Na phosphate-citrate, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	F1		1	0.9177
回転陽極			RIGAKU	2	1.54178

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2007年1月1日
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2007年5月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9177	1
2	1.54178	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 98989 / Num. obs: 98928 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Χ²: 1.678 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	2.9	0.264	9860	0.886	98.5
2.38-2.48	2.9	0.206	9788	0.928	98.4
2.48-2.59	3.8	0.274	9837	1.272	98.7
2.59-2.73	4.7	0.283	9873	1.467	99
2.73-2.9	4.9	0.233	9902	1.65	99
2.9-3.12	5	0.188	9952	1.785	99.5
3.12-3.44	5.1	0.151	10020	1.844	99.9
3.44-3.93	4.4	0.122	9555	2.189	95.6
3.93-4.95	5.2	0.1	10055	2.194	100
4.95-50	5.1	0.085	10147	1.645	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3.0026	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2R7K

2r7k

解像度: 2.3→42.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 6.766 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	4941	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.203	98989	-	-
obs	0.203	98928	98.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.251 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	-1.66 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16230	0	257	541	17028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	16858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.067	1.994	22848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.711	5	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.627	23.721	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.87	15	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.23	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	7872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	11525
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.419	1.5	10376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.735	2	16212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.827	3	7541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.414	4.5	6636

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1300	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	B	1300	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0
1	1	C	1300	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0
1	1	D	1300	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0
1	1	E	1300	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0
1	1	F	1300	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0
1	1	A	1326	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
1	1	B	1326	LOOSE POSITIONAL	0.48	0
1	1	C	1326	LOOSE POSITIONAL	0.58	0
1	1	D	1326	LOOSE POSITIONAL	0.44	0
1	1	E	1326	LOOSE POSITIONAL	0.58	0
1	1	F	1326	LOOSE POSITIONAL	0.48	0
1	1	A	1300	MEDIUM THERMAL	1.3	2
1	1	B	1300	MEDIUM THERMAL	0.85	0
1	1	C	1300	MEDIUM THERMAL	1.94	0
1	1	D	1300	MEDIUM THERMAL	1.48	0
1	1	E	1300	MEDIUM THERMAL	1.76	0
1	1	F	1300	MEDIUM THERMAL	1.39	0
1	1	A	1326	LOOSE THERMAL	1.5	10
1	1	B	1326	LOOSE THERMAL	1.04	0.01
1	1	C	1326	LOOSE THERMAL	2.11	0
1	1	D	1326	LOOSE THERMAL	1.6	0
1	1	E	1326	LOOSE THERMAL	1.81	0
1	1	F	1326	LOOSE THERMAL	1.46	0
2	2	A	36	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
2	2	B	36	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.01
2	2	C	36	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0
2	2	D	43	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
2	2	E	43	LOOSE POSITIONAL	0.76	0.12
2	2	F	43	LOOSE POSITIONAL	0.6	0
2	2	A	36	MEDIUM THERMAL	0.11	2
2	2	B	36	MEDIUM THERMAL	0.17	0.06
2	2	C	36	MEDIUM THERMAL	0.08	0
2	2	D	43	LOOSE THERMAL	0.12	10
2	2	E	43	LOOSE THERMAL	0.14	0.23
2	2	F	43	LOOSE THERMAL	0.12	0.01
3	3	A	36	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
3	3	B	36	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.01
3	3	C	36	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0
3	3	D	43	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
3	3	E	43	LOOSE POSITIONAL	0.38	0.12
3	3	F	43	LOOSE POSITIONAL	0.35	0
3	3	A	36	MEDIUM THERMAL	0.31	2
3	3	B	36	MEDIUM THERMAL	0.23	0.06
3	3	C	36	MEDIUM THERMAL	0.12	0
3	3	D	43	LOOSE THERMAL	0.23	10
3	3	E	43	LOOSE THERMAL	0.21	0.23
3	3	F	43	LOOSE THERMAL	0.14	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	329	-
R_work	0.238	6810	-
all	-	7139	-
obs	-	-	96.73 %

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