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- PDB-2r6s: Crystal structure of Gab protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6s
タイトルCrystal structure of Gab protein
要素Gab protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / jelly-roll motif
機能・相同性
機能・相同性情報


glutarate dioxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, with 2-oxoglutarate as one donor, and the other dehydrogenated / glutarate dioxygenase activity / L-lysine catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Glutarate 2-hydroxylase GlaH / CsiD / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutarate 2-hydroxylase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lohkamp, B. / Dobritzsch, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: A mixture of fortunes: the curious determination of the structure of Escherichia coli BL21 Gab protein.
著者: Lohkamp, B. / Dobritzsch, D.
履歴
登録2007年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_nat ...database_2 / entity_src_nat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gab protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,86027
ポリマ－37,4181
非ポリマー2,44126
水3,927218
1
A: Gab protein
ヘテロ分子

A: Gab protein
ヘテロ分子

A: Gab protein
ヘテロ分子

A: Gab protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,438108
ポリマ－149,6734
非ポリマー9,765104
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area29090 Å2
ΔGint-312 kcal/mol
Surface area52680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.900, 120.900, 137.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gab protein


分子量: 37418.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B-strain / 参照: UniProt: A2UG88, UniProt: A0A140N6S1*PLUS

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非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.4 Å / Num. all: 29961 / Num. obs: 29931 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4316 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ProDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1JR7

1jr7


解像度: 2.1→45.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.653 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1520 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
all0.163 29931 --
obs0.163 29925 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 153 218 2823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212757
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9863712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91734720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1895323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.76923.517145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79815450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6351523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.22080
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21450
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1071.52010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1851.5614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26922498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8531390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5524.51202
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 130 -
Rwork0.227 2074 -
all-2204 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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