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万見
- PDB-2r6a: Crystal Form BH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6a
タイトルCrystal Form BH1
要素
  • DnaG Primase, Helicase Binding Domain
  • Replicative helicase
キーワードREPLICATION / Helicase / Primase / dnaB / dnaG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / DNA primase activity / DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...DNA primase DnaG / DNA primase activity / DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #360 / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / : / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria ...Helix Hairpins - #360 / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / : / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / TOPRIM / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase DnaB / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of hexameric DnaB helicase and its complex with a domain of DnaG primase
著者: Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5807
ポリマ－118,1953
非ポリマー3844
水54030
1
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
ヘテロ分子

A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
ヘテロ分子

A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,73921
ポリマ－354,5869
非ポリマー1,15312
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area40570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.751, 226.751, 75.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEGLUAA9 - 919 - 91
21ILEGLUBB9 - 919 - 91
12LEUSERAA92 - 15192 - 151
22LEUSERBB92 - 15192 - 151
13ILELEUAA183 - 441183 - 441
23ILELEUBB183 - 441183 - 441

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細Biological hexamer is generated when the following operators are applied to the au: (x, y, z) (1-y,x-y,z) (y-x+1,1-x,z)

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要素

#1: タンパク質 Replicative helicase / DnaB Helicase


分子量: 50699.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DnaB / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4C9
#2: タンパク質 DnaG Primase, Helicase Binding Domain / E.C.2.7.7.-


分子量: 16796.490 Da / 分子数: 1 / Fragment: Helicase Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DnaG / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9X4D0, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 1.0M Lithium Sulfate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.88 Å / Num. all: 49653 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.32
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 4947 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 29.979 / SU ML: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29728 2517 5.1 %RANDOM
Rwork0.25894 ---
all0.2608 47117 --
obs0.2608 47117 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.544 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20.3 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7302 0 20 30 7352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9819998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4485925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.04724.32338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.812151367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4811564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.23444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25059
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6931.54829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55627493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53422879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7912.52505
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1332medium positional0.170.5
2236medium positional0.50.5
3828medium positional0.340.5
1296loose positional0.535
2228loose positional0.955
3758loose positional0.815
1332medium thermal0.882
2236medium thermal0.732
3828medium thermal0.532
1296loose thermal2.5610
2228loose thermal2.910
3758loose thermal210
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 177 -
Rwork0.324 3431 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2427-2.0854-1.37864.80212.12433.035-0.0148-0.1222-0.2659-0.0241-0.0328-0.13140.2516-0.15920.0477-0.52920.2034-0.1013-0.5210.0955-0.466775.5299102.151733.6062
20.85580.75520.138513.982-0.0961.7743-0.1690.339-0.2016-0.64950.2161.02440.6848-0.3397-0.047-0.22520.2456-0.0654-0.3530.0081-0.256879.015281.728427.1547
35.13212.8596-0.27372.8029-0.99581.6666-0.23330.3999-0.0152-0.39290.1637-0.29540.13760.48760.06960.10450.11620.00350.25090.0994-0.1992111.089107.8553-15.2041
45.62850.68470.77183.2556-0.18667.0541-0.09820.2713-0.2543-0.37190.04360.11950.28520.05180.0546-0.2240.19820.00260.04550.0951-0.2587106.5378104.9688-2.9127
58.43660.4448-0.67491.3265-0.60913.17990.22280.1576-0.4112-0.0581-0.141-0.14450.27230.5116-0.0818-0.43670.2883-0.0468-0.30720.0419-0.4375104.859298.756229.1212
610.2651-5.8615-0.22223.4997-0.02390.15380.52350.7372-0.3234-0.8386-0.48180.0977-0.0546-0.0654-0.0417-0.35690.1671-0.04620.0832-0.0011-0.3041125.832693.755226.0676
76.0638-5.5269-1.66935.58792.07511.5901-0.19760.54660.32250.1712-0.1938-0.24620.1476-0.23380.3914-0.0107-0.13190.23380.22290.17430.0009149.812188.4321-12.269
82.9522-1.08490.56764.6995-0.01025.71-0.12970.26340.3127-0.15160.04170.5009-0.7712-1.00160.08790.08660.15810.20120.3880.12180.0889143.591288.6283-4.9948
96.72151.08921.12486.59071.77585.43070.13030.05990.95030.1228-0.1008-0.6338-0.48031.3965-0.0295-0.0916-0.0979-0.00180.08210.09960.0878113.8982125.686539.1384
1012.16280.1586-2.27142.44420.47673.55740.4152-0.65910.98560.1239-0.234-0.8118-0.93630.785-0.1812-0.16160.1353-0.1057-0.3516-0.0276-0.138181.0253118.540442.7501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3A161 - 175
4X-RAY DIFFRACTION3A244 - 286
5X-RAY DIFFRACTION4A287 - 441
6X-RAY DIFFRACTION5B9 - 91
7X-RAY DIFFRACTION6B92 - 151
8X-RAY DIFFRACTION7B155 - 174
9X-RAY DIFFRACTION7B244 - 286
10X-RAY DIFFRACTION8B287 - 441
11X-RAY DIFFRACTION9C461 - 555
12X-RAY DIFFRACTION10C556 - 593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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