PDB-2r48: Crystal structure of the fructose specific IIB subunit of PTS sys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r48

タイトル

Crystal structure of the fructose specific IIB subunit of PTS system from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

要素

Phosphotransferase system (PTS) mannose-specific enzyme IIBCA component

キーワード

TRANSFERASE / TRANSPORT PROTEIN / PTS system / phosphotransferase system / fructose specific IIB subunit / pfam02379 / PSI-2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Membrane / Sugar transport / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-N(PI)-phosphohistidine-fructose phosphotransferase system transporter activity / protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / carbohydrate:proton symporter activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nocek, B. / Cuff, M. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the fructose specific IIB subunit of PTS system from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168.
著者: Nocek, B. / Cuff, M. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r48.cif.gz	35.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r48.ent.gz	24.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r48	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4ode-d 5hr2-d 2i4a-d 2va0-3 3fs7-8 1fi9-d 6esx-1 6qjl-1 2mmo-d 1acf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1979.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphotransferase system (PTS) mannose-specific enzyme IIBCA component

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.931, 48.931, 68.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-126- HOH

詳細

According to authors, the crystal packing indicates that dimer could be the biologically relevant oligomerization state.

#1: タンパク質	Phosphotransferase system (PTS) mannose-specific enzyme IIBCA component 分子量: 11476.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-104 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 生物種: Bacillus subtilis / 株: 168 / 遺伝子: manP, BSU12010 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31645
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97950, 0.97960

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月3日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 7790 / Num. obs: 7790 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 28.7

反射シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 61.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 7.62 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23743	361	4.7 %	RANDOM
R_work	0.18328	-	-	-
all	0.1871	7785	-	-
obs	0.18601	7402	95.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.628 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	795	0	0	57	852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.989	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.033	3	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.292	25.882	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.805	15	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.832	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.171	1.5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.267	1.5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.417	2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.453	3	300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.519	4.5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	13	-
R_work	0.256	359	-
obs	-	-	65.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6179	-3.4615	4.622	7.9656	-7.761	16.457	0.094	-0.1794	-0.2212	0.2578	-0.1483	-0.4807	0.0345	0.4865	0.0543	0.1251	-0.0642	-0.0525	0.1426	0.0065	0.1441	13.9321	7.1277	20.1301
2	5.0906	-0.816	-9.5412	0.5335	2.5142	20.2913	0.4876	0.4491	-0.1222	-0.6574	-0.2086	0.2103	-1.4826	-0.7701	-0.279	0.273	0.0634	-0.0413	0.1979	0.0733	0.0971	5.1731	16.4606	3.1306
3	3.6193	-2.3206	-1.36	1.6498	0.0423	4.7648	-0.028	0.2722	-0.1386	0.0658	0.053	0.0328	-0.2252	0.3266	-0.025	0.1309	-0.0495	0.0027	0.2012	-0.0244	0.0645	12.4663	11.5128	5.0293
4	4.3642	-2.6329	-0.6913	10.7034	-6.5657	9.7303	0.1189	0.4724	0.1149	-0.5788	-0.2735	-0.1648	0.9969	-0.1877	0.1546	0.1145	-0.0289	-0.0268	0.1989	-0.0395	0.0749	19.229	6.8132	12.0649
5	20.1694	-0.6031	1.4149	1.5174	-1.9511	2.5294	0.2866	0.2759	-0.4066	-0.0574	-0.1032	-0.0315	0.0579	0.2533	-0.1834	0.1191	-0.0044	-0.0299	0.1296	-0.0822	0.1058	16.5147	5.9149	16.1082
6	12.9077	-2.1269	8.5681	16.8084	-5.592	6.7492	-0.0059	0.8655	0.1718	-0.8942	0.3388	0.5387	0.3377	0.5316	-0.3329	0.1227	-0.0466	-0.0319	0.2006	0.0622	0.095	0.9645	10.2465	7.3578
7	1.2511	-2.2822	3.1636	6.0429	-2.6459	34.3763	-0.0066	0.1042	-0.2526	-0.3727	0.325	0.2075	0.0422	-0.8866	-0.3184	0.0541	-0.0497	-0.0268	0.1136	0.0151	0.1419	3.2867	4.3065	14.326
8	15.3247	2.3432	14.3456	15.4545	0.7788	13.5616	0.188	-0.9389	-0.4709	0.6321	-0.1915	0.5438	0.0261	-0.554	0.0035	0.1083	-0.0384	0.0404	0.1107	0.067	0.1315	3.9783	3.1053	25.1406
9	1.2691	0.9828	0.4655	2.8351	-4.0567	9.578	0.0046	-0.0934	0.1234	0.0317	0.1124	0.0117	-0.1417	-0.0593	-0.1171	0.1551	-0.0241	-0.0037	0.0958	-0.0033	0.0798	8.4543	14.1038	17.9965
10	5.6148	0.6792	2.4333	3.3661	-6.484	17.792	0.0157	-0.1594	0.0456	0.4454	0.3323	0.4401	-0.9211	-0.0938	-0.3479	0.1353	0.0287	0.0542	0.1111	0.0071	0.0953	1.3162	14.4677	22.1823
11	1.604	0.6606	-0.8564	2.7049	-3.0023	8.4246	0.1168	-0.0643	0.138	0.1504	0.1602	0.0498	-0.2098	0.0277	-0.277	0.1457	-0.0389	-0.007	0.123	-0.0313	0.0818	10.6717	17.3855	20.115
12	13.0902	0.9207	4.1223	5.5926	2.1781	9.1583	0.2052	0.0792	0.2494	-0.7086	0.1443	-0.0892	-1.0264	0.9109	-0.3495	0.1713	-0.1009	0.0822	0.2219	-0.0113	0.0706	16.9641	19.197	7.7891
13	4.7936	-1.3329	4.5168	3.4697	-2.4981	33.147	-0.1619	0.2423	-0.1452	0.2347	0.0903	-0.5422	-0.7477	0.7397	0.0716	0.0232	-0.0792	-0.0216	0.1651	-0.0394	0.111	20.6096	15.5253	17.9873
14	41.6031	-2.7172	3.8688	7.1482	-3.6201	7.4387	-0.6178	-1.0372	1.5352	0.2931	0.1069	-0.876	-0.0898	-0.3332	0.511	0.0748	0.073	-0.0186	0.067	-0.113	0.1409	12.579	18.6175	27.5104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 7	2 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	8 - 14	10 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	15 - 22	17 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	23 - 28	25 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	29 - 37	31 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	38 - 44	40 - 46
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	45 - 49	47 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	50 - 54	52 - 56
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	55 - 66	57 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	67 - 74	69 - 76
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	75 - 82	77 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	83 - 87	85 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	88 - 97	90 - 99
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	98 - 104	100 - 106

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