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- PDB-2r40: Crystal structure of 20E bound EcR/USP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r40
タイトルCrystal structure of 20E bound EcR/USP
要素
  • Ecdysone Receptor
  • Ultraspiracle
キーワードGENE REGULATION / nuclear receptor ligand-binding domain / anti-parallel alpha-helical sandwich / ecdysone receptor / EcR
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-20E / Chem-EPH / CITRATE ANION / Ecdysone receptor / Gene regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Moras, D. / Billas, I.M.L. / Browning, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Critical Role of Desolvation in the Binding of 20-Hydroxyecdysone to the Ecdysone Receptor
著者: Browning, C. / Martin, E. / Loch, C. / Wurtz, J.M. / Moras, D. / Stote, R.H. / Dejaegere, A.P. / Billas, I.M.L.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE SEQUENCE OF CHAIN D IN THIS STRUCTURE IS CORRECT BASED ON THE DIRECT SEQUENCING

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Ecdysone Receptor
A: Ultraspiracle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8897
ポリマ－60,3212
非ポリマー1,5685
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Ecdysone Receptor
A: Ultraspiracle
ヘテロ分子

D: Ecdysone Receptor
A: Ultraspiracle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,77714
ポリマ－120,6414
非ポリマー3,13610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area6630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.001, 58.001, 303.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 DA

#1: タンパク質 Ecdysone Receptor / Ecdysteroid receptor / 20-hydroxy-ecdysone receptor / 20E receptor / EcRH / HvEcR


分子量: 30368.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 遺伝子: EcR / プラスミド: pET32b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O18473
#2: タンパク質 Ultraspiracle / Gene regulation protein


分子量: 29951.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / プラスミド: pACYC11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIF6

-
非ポリマー , 6種, 90分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-20E / (2beta,3beta,5beta,22R)-2,3,14,20,22,25-hexahydroxycholest-7-en-6-one / 2-beta,3-beta,14,20,22,25-Hexahydroxy-5-beta-cholet-7-en-6- one / 20-ヒドロキシエクジソン


分子量: 480.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O7 / コメント: ホルモン*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.402→33.73 Å / Num. all: 24092

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.402→33.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 16.621 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2391 9.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.23 24087 --
obs0.23 24087 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.164 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→33.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3781 0 107 85 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2892.0065390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7955473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17423.486175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.70415722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4151534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22759
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0570.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.52461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93723853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32131719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0664.51537
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 164 -
Rwork0.247 1521 -
all-1685 -
obs--98.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5853-0.28050.32894.2343-2.21954.7428-0.03360.1507-0.0832-0.27470.03610.07960.2763-0.1911-0.0025-0.01510.02640.016-0.2695-0.0093-0.243222.5393-12.31-36.9447
22.12570.5790.02153.08690.76494.320.1786-0.1198-0.05790.2553-0.1915-0.28530.1360.24090.0129-0.03860.0059-0.0741-0.29560.1124-0.138731.8657-11.7995-11.0578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A206 - 455
2X-RAY DIFFRACTION2D287 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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