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万見
- PDB-2r2j: crystal structure of human ERp44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r2j
タイトルcrystal structure of human ERp44
要素Thioredoxin domain-containing protein 4
キーワードCHAPERONE / thioredoxin / CRFS motif / Endoplasmic reticulum / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein metabolic process / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to unfolded protein / cell redox homeostasis / response to endoplasmic reticulum stress / specific granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane ...glycoprotein metabolic process / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to unfolded protein / cell redox homeostasis / response to endoplasmic reticulum stress / specific granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b' / Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b / : / Thioredoxin-like domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b' / Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b / : / Thioredoxin-like domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / SUCCINIC ACID / Endoplasmic reticulum resident protein 44
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, L.K. / Li, S.J. / Sun, F. / Wang, C.C.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human ERp44 shows a dynamic functional modulation by its carboxy-terminal tail.
著者: Wang, L.K. / Wang, L. / Vavassori, S. / Li, S.J. / Ke, H. / Anelli, T. / Degano, M. / Ronzoni, R. / Sitia, R. / Sun, F. / Wang, C.C.
履歴
登録2007年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7714
ポリマ－44,5611
非ポリマー2103
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Thioredoxin domain-containing protein 4
ヘテロ分子

A: Thioredoxin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5428
ポリマ－89,1212
非ポリマー4206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area2110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area34610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.501, 83.501, 123.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin domain-containing protein 4 / Endoplasmic reticulum resident protein ERp44


分子量: 44560.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXNDC4, ERP44, KIAA0573 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: Q9BS26
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: disodium succinate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月21日
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72.36 Å / Num. all: 15807 / Num. obs: 15728 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 79.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1488 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→72.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 23.033 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26302 783 5 %RANDOM
Rwork0.21694 ---
obs0.21911 14916 99.49 %-
all-15807 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→72.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2694 0 14 110 2818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.9523747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9295327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91524.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.22615486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3411519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8331.51677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91722665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72331217
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5474.51080
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 65 -
Rwork0.289 1018 -
obs--95.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0816-3.4633-0.72877.93520.75594.16870.0869-1.14020.59190.6760.07760.0737-0.3144-0.0312-0.1645-0.1446-0.04380.08930.0934-0.0158-0.27651.762842.155350.8126
28.83572.43830.61386.89282.86655.58320.2026-0.04351.3835-0.12560.0253-0.2386-0.6759-0.1736-0.2279-0.14910.08750.2513-0.1982-0.02470.130326.796352.395943.8382
38.59192.1725-0.91823.9662-0.09037.0321-0.09610.23990.0526-0.36270.0310.608-0.1606-0.89920.0651-0.31470.05570.1084-0.08350.0602-0.235340.846341.821518.9572
45.7956-0.35424.10511.3169-2.47886.74020.03490.5172-0.8041-0.20520.2409-0.43060.69760.3726-0.2758-0.18720.00230.2421-0.12660.1284-0.135354.707935.170524.0074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 508 - 55
2X-RAY DIFFRACTION1AA54 - 11259 - 117
3X-RAY DIFFRACTION2AA113 - 118118 - 123
4X-RAY DIFFRACTION2AA131 - 169136 - 174
5X-RAY DIFFRACTION2AA178 - 215183 - 220
6X-RAY DIFFRACTION3AA216 - 325221 - 330
7X-RAY DIFFRACTION4AA326 - 331331 - 336
8X-RAY DIFFRACTION4AA351 - 372356 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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