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- PDB-2r01: Crystal structure of a putative fmn-dependent nitroreductase (ct0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r01
タイトルCrystal structure of a putative fmn-dependent nitroreductase (ct0345) from chlorobium tepidum tls at 1.15 A resolution
要素Nitroreductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
putative fmn-dependent nitroreductase like fold / putative fmn-dependent nitroreductase like domains / Putative nitroreductase, C-terminal, bacterial / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / Single Sheet / 3-Layer(aba) Sandwich ...putative fmn-dependent nitroreductase like fold / putative fmn-dependent nitroreductase like domains / Putative nitroreductase, C-terminal, bacterial / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / Single Sheet / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Nitroreductase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative FMN-dependent nitroreductase (NP_661249.1) from Chlorobium tepidum TLS at 1.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0565
ポリマ－23,4021
非ポリマー6534
水4,089227
1
A: Nitroreductase family protein
ヘテロ分子

A: Nitroreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,11110
ポリマ－46,8042
非ポリマー1,3078
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area8660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.030, 64.720, 48.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nitroreductase family protein


分子量: 23402.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
生物種: Chlorobaculum tepidum / 株: TLS, DSM 12025 / 遺伝子: NP_661249.1, CT0345 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8KFI1

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非ポリマー , 5種, 231分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: NANODROP, 0.2M KH2PO4, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97949, 0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979491
30.979221
反射解像度: 1.15→28.49 Å / Num. obs: 66535 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.14 % / Biso Wilson estimate: 7.078 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obs% possible all
1.15-1.190.3472.191906196.6
1.19-1.240.32.52124098.4
1.24-1.30.25332156198.7
1.3-1.360.2123.61796099.2
1.36-1.450.1684.52203599.3
1.45-1.560.1146.52055199.4
1.56-1.720.0769.32172799.6
1.72-1.970.04614.52149099.6
1.97-2.480.02822.72143999.3
2.48-28.490.01833.22176098.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.15→28.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.986 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ONE FMN, ONE PHOSPHATE, ONE CALCIUM ION AND ONE ETHYLENE GLYCOL MOLECULES WERE MODELED. 5. RESIDUES 1 TO 12 ARE DISORDERED AND NOT MODELED IN THE STRUCTURE. 6. ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUES 39 AND 56 IS UNMODELED, WHICH MAY BE THE FRACTION OF POLYETHYLENE GLYCOL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 3361 5.1 %RANDOM
Rwork0.148 ---
all0.149 ---
obs0.149 66493 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→28.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1478 0 41 227 1746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4542.0022268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91632690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.275216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.81822.42466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.30815264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.5221518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.3323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.31250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.5832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.5872
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.5287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.30.395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2431.51068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4781.5412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84621690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3923693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.344.5578
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.45633056
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.3873229
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.60832714
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 258 -
Rwork0.21 4501 -
obs-4759 97.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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