PDB-2qyb: Crystal structure of the GAF domain region of putative membrane p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qyb

タイトル

Crystal structure of the GAF domain region of putative membrane protein from Geobacter sulfurreducens PCA

要素

Membrane protein, putative

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GAF domain / domain of putative membrane protein / PSI-2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

symporter activity / sodium ion transport / phosphatase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Nocek, B. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the GAF domain region of putative membrane protein from Geobacter sulfurreducens PCA.
著者: Nocek, B. / Duggan, E. / Clancy, E. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	2qyb_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/2qyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/2qyb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3hde-2 3dea-d 5bzx-2 5bzz-1 5bzx-1 5bzz-3 6dco-d 5bzz-4 5bzx-4 5bug-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC87689.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Membrane protein, putative

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane protein, putative

ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.886, 64.886, 90.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Membrane protein, putative 分子量: 20879.428 Da / 分子数: 1 / 断片: GAF Domain: Residues 661-838 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア) 生物種: Geobacter sulfurreducens / 株: PCA, DSM 12127 / 遺伝子: GSU1429 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74D90
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Membrane protein, putative

分子量: 20879.428 Da / 分子数: 1 / 断片: GAF Domain: Residues 661-838 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
生物種: Geobacter sulfurreducens / 株: PCA, DSM 12127 / 遺伝子: GSU1429 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74D90

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium citrate, 20% Isopropanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 9079 / Num. obs: 9079 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
Coot		モデル構築
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→26.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 15.242 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22919	427	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20533	-	-	-
all	0.2105	9079	-	-
obs	0.20655	8528	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.192 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	-0.18 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1197	0	0	17	1214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.996	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.995	3	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.959	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.036	24.423	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.71	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.167	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.053	1.5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.168	1.5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.298	2	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.126	3	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.189	4.5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	28	-
R_work	0.249	581	-
obs	-	-	96.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	41.2163	4.7867	-11.8012	9.726	-1.2837	42.5446	0.4038	-0.5502	2.1931	-0.8358	0.5118	0.886	-1.3364	-0.7779	-0.9156	0.1489	-0.0024	0.0644	0.1547	0.0602	0.3399	-28.4852	43.6507	11.049
2	12.9272	-2.5508	1.8644	7.857	0.8493	0.4704	0.1248	-0.0186	0.0026	0.0151	-0.3303	0.0646	0.2799	0.0114	0.2055	0.2198	-0.0571	-0.011	0.3832	0.0315	0.1384	-20.6779	37.6266	9.8096
3	14.3257	-1.6663	4.7979	12.7207	3.4772	7.9429	-0.104	0.8338	0.2373	0.3155	-0.2553	0.305	0.1913	-0.071	0.3593	0.162	-0.0551	0.0517	0.2956	0.0798	0.1586	-13.029	33.6994	8.4196
4	20.9653	3.1923	-9.0195	5.4385	1.4539	10.8565	-0.0172	-0.5086	-0.4312	-0.3223	0.3862	-0.0845	0.4989	-0.0495	-0.369	0.2559	0.0105	-0.0298	0.2089	0.0359	0.1899	-6.8368	28.0443	5.2415
5	2.8861	-1.2946	-0.6483	2.7626	2.0782	4.4374	0.03	-0.0948	0.0694	0.2372	0.2609	-0.1829	0.0452	0.1531	-0.2909	0.2215	-0.0623	-0.0261	0.1802	0.0279	0.2294	-7.0832	36.2433	15.0151
6	2.644	0.1382	0.8745	0.0439	0.4521	4.7952	0.0988	-0.1864	0.0684	0.0966	-0.1096	0.1864	-0.0129	-0.4351	0.0108	0.253	-0.0867	0.0245	0.2419	0.068	0.2059	-12.2779	39.7287	20.555
7	12.1587	5.2456	6.9009	22.7125	0.7271	17.028	-0.0551	-0.0285	-1.2401	1.0534	0.7313	-0.9432	0.8085	0.2846	-0.6762	0.2493	0.032	-0.0242	0.2497	0.1354	0.2408	-5.669	28.5136	21.9016
8	7.8687	-0.488	-5.6596	8.9238	-4.0258	8.4597	0.3252	-0.7101	0.5344	0.8075	0.0434	0.0117	-0.4557	0.0247	-0.3686	0.2093	0.0395	-0.07	0.2413	0.0024	0.1997	-3.3076	43.232	26.3153
9	3.2262	-1.3926	5.2423	1.6217	-0.9486	10.211	-0.2422	0.2379	0.455	0.2242	0.1251	-0.9429	-0.0482	0.3508	0.1171	0.2875	-0.1	-0.0302	0.1755	-0.009	0.2555	1.5211	46.7871	17.9007
10	2.0195	1.1512	0.7696	1.9458	2.0688	2.3539	-0.2306	-0.0106	0.4361	-0.4435	0.3318	-0.4786	0.1241	0.6214	-0.1012	0.1855	0.0114	-0.0373	0.408	-0.0229	0.1963	8.8337	36.3344	15.1565
11	9.4261	-7.2569	-13.085	6.6187	6.584	29.967	0.3157	-0.0201	0.1939	-0.1359	0.2079	-0.2906	-0.828	0.6469	-0.5236	0.1269	-0.05	0.0287	0.2759	-0.0761	0.231	12.5205	34.675	24.0201
12	0.4546	-0.1619	2.1294	2.5949	-0.5428	9.994	0.0351	0.167	0.0136	-0.4002	-0.1234	0.3107	0.8078	0.3696	0.0882	0.2714	0.079	-0.058	0.2402	0.0264	0.2435	6.9595	30.5705	26.3375
13	5.3814	-12.5446	7.8441	33.2662	-15.4464	13.4373	0.2635	0.3738	0.0908	-0.0511	0.1889	0.231	0.3688	0.1921	-0.4524	0.1259	-0.0211	-0.0972	0.2202	-0.0503	0.209	3.1339	32.8565	17.0181
14	1.0739	0.8499	-0.2325	14.9041	1.5264	0.2559	-0.022	0.5019	-0.0465	-0.2501	0.2599	0.4497	-0.2969	-0.1401	-0.2379	0.2551	-0.0552	-0.0454	0.3118	0.1249	0.2328	-7.1444	49.7712	10.2037
15	5.7833	-7.519	0.1435	9.7909	-0.4425	4.295	0.018	0.272	0.0593	0.1594	0.097	-0.1535	0.4659	0.2988	-0.115	0.2266	-0.018	-0.0679	0.2384	-0.0349	0.2352	0.8924	30.4037	13.9942
16	4.7957	-3.3481	9.2749	2.6359	-5.8483	19.2547	0.5219	-0.095	0.0936	-0.7121	-0.0365	0.0517	0.3558	0.5575	-0.4855	0.1773	0.0336	0.0187	0.315	-0.0143	0.179	6.7891	34.7146	6.179
17	23.2234	-9.728	-4.812	4.1014	2.3716	5.7854	-0.2898	0.3761	0.5621	-0.3208	0.376	0.0393	0.1121	-0.0309	-0.0861	0.2248	-0.0965	-0.0313	0.3228	0.097	0.1618	-4.0781	41.0972	4.52
18	20.483	-10.6224	-16.2372	26.3705	-6.3559	23.3376	0.5758	1.5429	1.0548	-0.954	0.4433	0.2233	-1.8076	-0.7816	-1.0191	0.2961	-0.0089	0.0038	0.2701	0.1633	0.2637	-17.3146	47.5101	7.3669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 12	9 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	13 - 19	15 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	20 - 24	22 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	25 - 30	27 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	31 - 43	33 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	44 - 53	46 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	54 - 61	56 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	62 - 70	64 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	71 - 82	73 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	83 - 88	85 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	89 - 95	91 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	96 - 102	98 - 104
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	103 - 111	105 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	112 - 123	114 - 125
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	124 - 131	126 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	132 - 139	134 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	140 - 151	142 - 153
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	152 - 157	154 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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