PDB-2qxl: Crystal Structure Analysis of Sse1, a yeast Hsp110

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qxl

タイトル

Crystal Structure Analysis of Sse1, a yeast Hsp110

要素

Heat shock protein homolog SSE1

キーワード

CHAPERONE / Hsp110 / Hsp70 / molecular chaperone / ATP state / ATP-binding / Calmodulin-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Stress response

機能・相同性

機能・相同性情報

adenyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / peptide binding / ATP-dependent protein folding chaperone / autophagy / protein folding / protein refolding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / calmodulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Hendrickson, W.A. / Liu, Q.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Insights into hsp70 chaperone activity from a crystal structure of the yeast hsp110 Sse1.
著者: Liu, Q. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2007年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qxl.cif.gz	260.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qxl.ent.gz	205.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/2qxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/2qxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yim-2 3qd6-d 1b70-d 5ui5-d 6yq1-d 228 9941 2amc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Heat shock protein homolog SSE1

B: Heat shock protein homolog SSE1

ヘテロ分子

148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	218.045, 125.331, 74.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.670, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Heat shock protein homolog SSE1 / Chaperone protein MSI3 分子量: 73565.859 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2 to 659 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SSE1, MSI3 / プラスミド: pSMT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32589
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 6000, 0.1M cacodylate, pH 6.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4A	1	0.97923
シンクロトロン	NSLS	X4A	2	0.97917, 0.97948, 0.96791

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2005年6月3日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2005年6月3日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	KOHZU double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	KOHZU double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97923	1
2	0.97917	1
3	0.97948	1
4	0.96791	1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 12.7 / 数: 285550 / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.09 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 76284 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.46	50	97.7	1	0.027	1.124	3.5
5.13	6.46	99.9	1	0.044	1.06	3.7
4.48	5.13	99.9	1	0.041	1.063	3.7
4.07	4.48	100	1	0.046	1.106	3.7
3.78	4.07	100	1	0.059	1.064	3.8
3.56	3.78	100	1	0.071	1.078	3.8
3.38	3.56	100	1	0.095	1.107	3.8
3.23	3.38	100	1	0.128	1.098	3.8
3.11	3.23	100	1	0.173	1.099	3.8
3	3.11	100	1	0.223	1.067	3.8

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 75393 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.422 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	3.3	0.279	7477	0.957	1,2	99.7
2.49-2.59	3.5	0.215	7527	1.017	1,2	99.8
2.59-2.7	3.6	0.175	7527	1.07	1,2	99.9
2.7-2.85	3.7	0.136	7547	1.157	1,2	99.9
2.85-3.02	3.8	0.101	7523	1.342	1,2	99.9
3.02-3.26	3.8	0.075	7519	1.447	1,2	99.7
3.26-3.58	3.7	0.057	7543	1.689	1,2	99.6
3.58-4.1	3.6	0.047	7542	1.864	1,2	99.7
4.1-5.16	3.5	0.041	7558	1.83	1,2	99.5
5.16-30	3.3	0.039	7556	1.832	1,2	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.81 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.37 / 反射: 46944

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9795	3.26	-9.5
1	3 wavelength	2	0.9792	5.09	-6.95
1	3 wavelength	3	0.9679	3.45	-3.17

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	41.105	0.252	0.497	0.082	0.273
2	Se	42.362	0.41	0.307	0.437	0.294
3	Se	44.375	0.66	0.311	0.054	0.285
4	Se	47.893	0.257	0.049	0.082	0.285
5	Se	46.586	0.341	0.324	0.005	0.286
6	Se	57.616	0.838	0.226	0.004	0.292
7	Se	60	0.136	0.244	0.426	0.304
8	Se	60	0.372	0.072	0.29	0.288
9	Se	60	0.843	0.239	0.06	0.329
10	Se	60	0.162	0.478	0.282	0.255
11	Se	60	0.378	0.078	0.419	0.221
12	Se	60	0.948	0.056	0.429	0.265
13	Se	60	0.167	0.472	0.41	0.23
14	Se	60	0.093	0.004	0.41	0.228

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.39-20	0.75	2507
6.18-9.39	0.7	3990
4.9-6.18	0.6	5060
4.19-4.9	0.49	5869
3.71-4.19	0.38	6661
3.37-3.71	0.27	7254
3.11-3.37	0.19	7759
2.9-3.11	0.11	7844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.41→29.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 12.993 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	3795	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	75392	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.97 Å²	0 Å²	0.26 Å²
2-	-	3.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9639	0	66	355	10060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.971	13385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.471	5	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.863	25.192	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.16	15	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.522	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	6733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.05	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.067	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.431	1.5	6190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.88	2	9963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.503	3	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.608	4.5	3422

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.476 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	272	-
R_work	0.245	4740	-
all	-	5012	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1357	-0.1956	0.2072	2.7263	-0.0358	1.4301	0.045	0.1901	0.2766	-0.3661	-0.0642	-0.5652	-0.1426	0.0172	0.0192	-0.184	0.113	0.0543	-0.0794	0.1511	-0.0577	74.5513	85.2326	-18.2924
2	1.0829	-0.2499	0.1437	1.2519	-0.4616	1.7672	-0.0048	-0.033	-0.0552	0.0425	0.0746	-0.0132	0.0192	-0.1617	-0.0698	-0.1503	-0.0422	0.0158	-0.0761	0.0347	-0.1938	75.4204	46.5091	18.7372
3	2.6116	0.5242	-0.9129	6.6618	-1.2221	3.8933	0.1753	0.3218	1.1418	-0.2901	-0.1388	-0.7681	-0.7859	0.1999	-0.0365	0.048	0.0421	0.1283	-0.1625	0.3266	0.5975	76.944	118.4385	-22.4183
4	2.5859	-0.12	0.156	4.535	-0.7009	5.2273	0.0537	-0.1804	-1.0175	-0.1897	0.009	-0.2382	1.2618	0.0983	-0.0627	0.1663	-0.0655	-0.0068	-0.2334	0.117	0.1898	78.7721	12.5381	22.5882
5	4.9858	-1.8462	0.6676	0.7764	-0.0359	0.5709	-0.2947	-0.4039	-0.4469	0.0956	0.0472	-0.0159	-0.1395	0.1354	0.2475	-0.1755	0.0508	-0.0622	-0.058	0.0982	0.0299	91.9056	71.956	19.4216
6	2.3949	0.4049	-0.1705	3.569	-0.489	1.2497	0.0249	0.3083	0.6066	0.0737	0.0034	-0.3133	-0.1619	0.011	-0.0283	-0.1362	0.0028	-0.0021	-0.0312	0.0114	-0.1122	91.2421	59.5971	-18.5958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 394	2 - 393
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 394	2 - 393
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	395 - 545	394 - 544
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	395 - 545	394 - 544
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	546 - 656	545 - 655
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	546 - 652	545 - 651

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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