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- PDB-2qwu: Crystal structure of F. tularensis pathogenicity island protein C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qwu
タイトルCrystal structure of F. tularensis pathogenicity island protein C
要素Intracellular growth locus, subunit C
キーワードCELL INVASION / Francisella tularensis / iglc
機能・相同性Intracellular growth locus C protein / Intracellular growth locus C protein / Intracellular growth locus, subunit C
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sun, P. / Austin, B.P. / Schubot, F.D. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Francisella tularensis pathogenicity island protein IglC
著者: Sun, P. / Austin, B.P. / Schubot, F.D. / Waugh, D.S.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intracellular growth locus, subunit C
B: Intracellular growth locus, subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8302
ポリマ－45,8302
非ポリマー00
水7,746430
1
A: Intracellular growth locus, subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9151
ポリマ－22,9151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intracellular growth locus, subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9151
ポリマ－22,9151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.031, 83.991, 89.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Intracellular growth locus, subunit C


分子量: 22914.965 Da / 分子数: 2 / 変異: L36M, L76M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
生物種: Francisella tularensis / 株: subsp. tularensis / 遺伝子: iglC2, iglC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5NEC5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.5, 27-30% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→35 Å / Num. obs: 78172 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3467 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SGXPROモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SGXPRO位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→35 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: anomalous data set was used in refinement. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3799 -random
Rwork0.184 ---
obs0.184 78172 90.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.2532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.96 Å20 Å20 Å2
2--4.203 Å20 Å2
3---4.757 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 0 430 3534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.404
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.112
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3365 236 -
Rwork0.2736 --
obs-4638 95.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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