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- PDB-2qsk: Atomic-resolution crystal structure of the Recombinant form of Sc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qsk
タイトルAtomic-resolution crystal structure of the Recombinant form of Scytovirin
要素scytovirin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin
機能・相同性: / Scytovirin / regulation of defense response to virus / polysaccharide binding / Scytovirin
機能・相同性情報
生物種Scytonema varium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/DIRECT REFINEMENT / 解像度: 1 Å
データ登録者Moulaei, T. / Botos, I. / Ziolkowska, N.E. / Dauter, Z. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Atomic-resolution crystal structure of the antiviral lectin scytovirin.
著者: Moulaei, T. / Botos, I. / Ziolkowska, N.E. / Bokesch, H.R. / Krumpe, L.R. / McKee, T.C. / O'Keefe, B.R. / Dauter, Z. / Wlodawer, A.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein was not available at UNP database during the time of ...SEQUENCE The sequence of this protein was not available at UNP database during the time of processing this entry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scytovirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9325
ポリマ－9,7341
非ポリマー1984
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.200, 38.790, 59.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 scytovirin


分子量: 9733.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scytonema varium (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M sodium citrate, 0.1 M imidazole pH 8.0, protein concentration 32 MG/ML VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. all: 48601 / Num. obs: 48018 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2030 / Χ2: 0.65 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: SAD/DIRECT REFINEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 2QT4

2qt4


解像度: 1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.49 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.147 980 2 %RANDOM
Rwork0.128 ---
obs0.129 47944 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数674 0 9 129 812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9441050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88531433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8545117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82924.68832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.87915113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.269155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.260.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5652659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2032211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1783817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5012319
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6873220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.58431698
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.0363132
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.85831317
LS精密化 シェル解像度: 1→1.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 69 -
Rwork0.235 2944 -
all-3013 -
obs-2944 85.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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