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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qsi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative hydrogenase expression/formation protein hupG from Rhodopseudomonas palustris CGA009 | ||||||
要素 | Putative hydrogenase expression/formation protein hupG | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putative hydrogenase expression/formation protein / hupG / MCSG / PSI-2 / SAD / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [NiFe]-hydrogenase maturation factor HyaE / Hydrogenase-1 expression protein HyaE / Single helix bin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nocek, B. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of putative hydrogenase expression/formation protein hupG from Rhodopseudomonas palustris CGA009. 著者: Nocek, B. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. AUTHORS STATE THAT THE FPLS EXPERIMENT INDICATED TWO FORMS OF THIS PROTEIN: MONOMERIC AND DIMERIC. THE DIMERIC FORM WAS CRYSTALLIZED AND STRUCTURE OF DIMER HAS BEEN DETERMINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qsi.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qsi.ent.gz | 49.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qsi_validation.pdf.gz | 459.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qsi_full_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qsi_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qsi_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | FPLS experiment indicated two forms of this protein: monomeric and dimeric. The dimeric form was crystallized and structure of dimer has been determined. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14463.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: CGA009 / 遺伝子: hupG, RPA0968 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NB62 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 50mM MES pH 5.6, 2% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 17173 / Num. obs: 17173 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.339 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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