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- PDB-2qru: Crystal structure of an alpha/beta hydrolase superfamily protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qru
タイトルCrystal structure of an alpha/beta hydrolase superfamily protein from Enterococcus faecalis
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Enterococcus faecalis / alpha/beta-hydrolase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Volkart, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of an alpha/beta hydrolase superfamily protein from Enterococcus faecalis.
著者: Cuff, M.E. / Volkart, L. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8448
ポリマ－31,3761
非ポリマー4677
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.352, 50.413, 64.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

詳細Authors state that the biological unit assembly has not been determined experimentally and that the monomeric prediction is based on crystal packing.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 31376.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF_0381 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q838Q5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.01M MgCl2, 10% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97878, 0.97894
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978781
20.978941
Reflection冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 9.1 / 数: 246257 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.38 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 36066 / % possible obs: 99
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.555097.110.052.9116.4
2.823.5599.510.0562.1196.7
2.462.8299.910.0711.7227
2.242.4699.910.0841.387.1
2.082.2499.910.0981.2367.1
1.962.0899.910.1371.0857.1
1.861.9610010.21.0067.1
1.781.8699.810.2790.7967
1.711.7899.110.3930.7986.6
1.651.7194.510.4910.8066
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 36066 / Num. obs: 36066 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.384 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 3433 / Χ2: 0.806 / % possible all: 94.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.318 / FOM acentric: 0.325 / FOM centric: 0.172 / 反射: 35870 / Reflection acentric: 34208 / Reflection centric: 1662
Phasing MAD set

最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.7710000342081662
20.970.933.75.10.40.36338441578
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
110.72-501.110.10.1007516
16.01-10.721.5710.10.10054381
14.17-6.011.1410.10.1001389135
13.19-4.171.1710.10.1002591183
12.59-3.191.7210.10004142237
12.18-2.592.09100006111290
11.88-2.182.19100008401348
11.65-1.884.051000010956372
210.72-500.870.976.15.61.011.057015
26.01-10.720.820.644.34.91.241.0154181
24.17-6.010.880.784.55.30.970.841387134
23.19-4.170.950.9655.70.650.542569166
22.59-3.190.950.923.95.20.590.394113226
22.18-2.590.980.993.54.70.430.296079277
21.88-2.180.990.993.75.50.260.158359335
21.65-1.88113.44.40.170.110726344
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se34.556740.1830.5550.3080
2Se30.721880.2270.3930.1870
3Se34.142050.1830.5550.308-0.071
4Se31.823810.2270.3940.187-0.025
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10.72-500.5720.610.392917516
6.01-10.720.6710.6930.52362454381
4.17-6.010.6280.6450.45815241389135
3.19-4.170.5090.5280.23227742591183
2.59-3.190.5270.5430.23843794142237
2.18-2.590.4150.4280.13764016111290
1.88-2.180.2560.2630.07587498401348
1.65-1.880.1210.1240.0271132810956372
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 35870
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.68-10054.20.859508
5.35-6.6845.20.906532
4.59-5.3542.60.923618
4.08-4.5948.60.92719
3.72-4.0851.40.891789
3.43-3.7253.70.884872
3.2-3.4351.10.889936
3.02-3.250.80.885973
2.86-3.0247.60.8941036
2.72-2.8649.90.8891096
2.6-2.7251.30.8821145
2.5-2.653.40.8751191
2.41-2.554.40.871236
2.33-2.41530.8561287
2.25-2.3355.70.8541341
2.18-2.2556.70.8731384
2.12-2.1860.50.8691400
2.06-2.12640.8721446
2.01-2.0663.80.8611491
1.96-2.0164.50.8461540
1.92-1.9667.40.8371553
1.87-1.9266.30.8231589
1.83-1.8769.40.8131662
1.8-1.8372.40.8131637
1.76-1.874.80.8221740
1.73-1.7674.50.8011707
1.7-1.7377.50.7971717
1.65-1.7800.7492725

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.285 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1804 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.168 35870 --
obs0.168 35870 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å21.46 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2198 0 29 359 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.9813238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8945292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.40725108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66415402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.474157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8151.51462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26322332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04431037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.084.5906
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 131 -
Rwork0.283 2372 -
all-2503 -
obs--93.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.2237 Å / Origin y: 22.0434 Å / Origin z: 12.9173 Å
111213212223313233
T-0.1228 Å2-0.0512 Å20.0041 Å2--0.0675 Å2-0.0596 Å2---0.0826 Å2
L1.0796 °20.1059 °2-0.6147 °2-2.9093 °20.7106 °2--1.9677 °2
S0.1166 Å °0.0254 Å °-0.0112 Å °0.3019 Å °-0.3421 Å °0.363 Å °0.017 Å °-0.1425 Å °0.2255 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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