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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qrn | ||||||
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タイトル | Human Deoxycytidine kinase dCMP, UDP, Mg ion product complex | ||||||
![]() | Deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / deoxycytidine kinase / deoxycytidine monophosphate / uridine diphosphate / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ealick, S.E. / Soriano, E.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of human deoxycytidine kinase product complexes. 著者: Soriano, E.V. / Clark, V.C. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32723.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / #4: 化合物 | ChemComp-DCM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 16-17% ethanol,0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9764 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→48.12 Å / Num. all: 21038 / Num. obs: 19703 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.61 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 73.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P60.pdb 解像度: 3.4→48.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 158932.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.5115 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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