PDB-2qr8: 2.0A X-ray structure of C-terminal kinase domain of p90 ribosomal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qr8

タイトル

2.0A X-ray structure of C-terminal kinase domain of p90 ribosomal S6 kinase 2 (RSK2)

要素

Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

キーワード

TRANSFERASE / kinase domain / RSK2 / autoinhibitory / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

RSK activation / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ribosomal protein S6 kinase activity / ERK/MAPK targets / toll-like receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to lipopolysaccharide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tereshko, V. / Malakhova, M. / Dong, Z.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for activation of the autoinhibitory C-terminal kinase domain of p90 RSK2.
著者: Malakhova, M. / Tereshko, V. / Lee, S.Y. / Yao, K. / Cho, Y.-Y. / Bode, A. / Dong, Z.

履歴

登録	2007年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qr8.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qr8.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qr8_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qr8_full_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示
XML形式データ	2qr8_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	2qr8_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qr7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d9t-d 2qr7-d 5o1s-d 5eg8-d 4mao-d 4ptg-2 4r3p-d 3w2q-d 4jg8-d 5b3u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

ヘテロ分子

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.912, 46.912, 291.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha 3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / ...S6K-alpha 3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPKAPK1B 分子量: 38478.930 Da / 分子数: 1 / 変異: K591E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rps6ka3, Rps6ka-rs1, Rsk2 / プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus (DE3)-RILP 参照: UniProt: P18654, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7.5%-10% PEG3350, 50mM Ammonium sulfate, 0.1M Hepes , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月1日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. all: 23175 / Num. obs: 23175 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 23175 / Observed criterion σ(I): 23175 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 51.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 30.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QR7

2qr7

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 13.702 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25886	1197	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21529	-	-	-
all	0.21755	23175	-	-
obs	0.21755	23175	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2365	0	1	77	2443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	1.89	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	2.142	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.646	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.941	24.159	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.803	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.615	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.141	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.343	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.306	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.324	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.849	1.5	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.211	1.5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.458	2	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.14	3	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.247	4.5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	94	-
R_work	0.288	1575	-
obs	-	-	98.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0705	2.727	-1.2357	3.8996	-0.865	4.9587	0.1938	-0.4737	0.3351	0.1781	-0.1903	-0.0355	-0.9373	0.3809	-0.0035	-0.0623	0.0971	-0.0451	0.067	-0.082	-0.1186	34.2652	36.7667	131.4651
2	0.8602	0.0459	0.7814	1.2391	-0.5899	3.0917	-0.1826	-0.1413	-0.0095	0.0801	0.237	0.0327	0.2234	-0.4597	-0.0543	-0.23	0.0491	0.068	0.0833	0.0298	-0.0385	15.7421	21.9177	122.6655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	417 - 495	19 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B - C	1000 - 1010	1 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	496 - 714	98 - 316
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	1011 - 1077	11 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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