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- PDB-2qqp: Crystal Structure of Authentic Providence Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qqp
タイトルCrystal Structure of Authentic Providence Virus
要素
  • (p81) x 2
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS / capsid / coat protein / protein-RNA complex / beta barrel / Ig-like domain / tetravirus / tetraviridae / icosahedral virus / quasiequivalence / auto-catalytic cleavage / auto proteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4260 / Helix Hairpins - #650 / V-type ATP synthase subunit C fold / V-type ATP synthase subunit C fold - #10 / V-type ATP synthase subunit C fold - #20 / V-type ATP synthase subunit C fold / Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Jelly Rolls - #20 / Helix Hairpins ...Immunoglobulin-like - #4260 / Helix Hairpins - #650 / V-type ATP synthase subunit C fold / V-type ATP synthase subunit C fold - #10 / V-type ATP synthase subunit C fold - #20 / V-type ATP synthase subunit C fold / Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Jelly Rolls - #20 / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Providence virus (ウイルス)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Speir, J.A. / Taylor, D.J. / Johnson, J.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Evolution in action: N and C termini of subunits in related T = 4 viruses exchange roles as molecular switches.
著者: Speir, J.A. / Taylor, D.J. / Natarajan, P. / Pringle, F.M. / Ball, L.A. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: Virology / 年: 2003
タイトル: Providence virus: a new member of the Tetraviridae that infects cultured insect cells
著者: Pringle, F.M. / Johnson, K.N. / Goodman, C.L. / McIntosh, A.H. / Ball, L.A.
履歴
登録2007年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: p81
B: p81
C: p81
D: p81
E: p81
F: p81
G: p81
H: p81
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,83711
ポリマ－273,7569
非ポリマー802
水1086
1
A: p81
B: p81
C: p81
D: p81
E: p81
F: p81
G: p81
H: p81
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,430,199660
ポリマ－16,425,389540
非ポリマー4,809120
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: p81
B: p81
C: p81
D: p81
E: p81
F: p81
G: p81
H: p81
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.37 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,369,18355
ポリマ－1,368,78245
非ポリマー40110
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: p81
B: p81
C: p81
D: p81
E: p81
F: p81
G: p81
H: p81
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.64 MDa, 54 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,643,02066
ポリマ－1,642,53954
非ポリマー48112
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: p81
B: p81
C: p81
D: p81
E: p81
F: p81
G: p81
H: p81
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 8.22 MDa, 270 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,215,099330
ポリマ－8,212,695270
非ポリマー2,40560
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)659.790, 434.070, 415.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.32321316, -0.74537992, 0.58304548), (0.84951879, 0.5, 0.16827899), (-0.41695452, 0.44091811, 0.79482083)
3generate(-0.77185095, -0.35653125, 0.52643288), (0.62917036, -0.30901699, 0.71319923), (-0.09160111, 0.88169948, 0.46283396)
4generate(-0.77185095, 0.62917037, -0.09160111), (-0.35653125, -0.30901699, 0.88169947), (0.52643288, 0.71319924, 0.46283396)
5generate(0.32321316, 0.8495188, -0.41695452), (-0.74537992, 0.5, 0.44091811), (0.58304548, 0.16827899, 0.79482083)
6generate(-0.94321534, 0.33218192), (-1), (0.33218192, 0.94321534)
7generate(-0.44336436, 0.8495188, -0.28591233), (-0.84951879, -0.5, -0.16827899), (-0.28591233, 0.16827899, 0.94336436)
8generate(0.69759342, 0.62917037, -0.3427945), (-0.62917036, 0.30901699, -0.71319923), (-0.3427945, 0.71319924, 0.61142357)
9generate(0.90289314, -0.35653125, 0.24014464), (0.35653125, 0.30901699, -0.88169947), (0.24014464, 0.88169948, 0.40612386)
10generate(-0.11118244, -0.74537992, 0.65730301), (0.74537992, -0.5, -0.44091811), (0.65730301, 0.44091811, 0.61118244)
11generate(0.16609096, 0.16850024, 0.97160767), (0.98570161, -0.16850024), (-0.02839233, 0.98570162, -0.16609096)
12generate(-0.20828931, 0.38884867, 0.89744765), (0.38884867, -0.80901699, 0.44078137), (0.89744765, 0.44078137, 0.0173063)
13generate(-0.11118244, 0.74537992, 0.65730301), (-0.74537992, -0.5, 0.44091811), (0.65730301, -0.44091811, 0.61118244)
14generate(0.32321316, 0.74537992, 0.58304548), (-0.84951879, 0.5, -0.16827899), (-0.41695452, -0.44091811, 0.79482083)
15generate(0.49457755, 0.38884867, 0.77729644), (0.22034843, 0.80901699, -0.54492024), (-0.84073754, 0.44078137, 0.31443945)
16generate(0.16609096, -0.16850024, 0.97160767), (-0.98570161, 0.16850024), (-0.02839233, -0.98570162, -0.16609096)
17generate(-0.49457755, 0.22034843, 0.84073754), (-0.38884867, 0.80901699, -0.44078137), (-0.77729644, -0.54492025, -0.31443945)
18generate(-0.32321316, 0.8495188, 0.41695452), (0.74537992, 0.5, -0.44091811), (-0.58304548, 0.16827899, -0.79482083)
19generate(0.44336436, 0.8495188, 0.28591233), (0.84951879, -0.5, 0.16827899), (0.28591233, 0.16827899, -0.94336436)
20generate(0.74577094, 0.22034843, 0.62870683), (-0.22034843, -0.80901699, 0.54492024), (0.62870683, -0.54492025, -0.55478793)
21generate(0.16609096, 0.98570162, -0.02839233), (0.16850024, 0.98570161), (0.97160767, -0.16850024, -0.16609096)
22generate(0.90289314, 0.35653125, 0.24014464), (-0.35653125, 0.30901699, 0.88169947), (0.24014464, -0.88169948, 0.40612386)
23generate(0.49457755, -0.38884867, 0.77729644), (-0.22034843, 0.80901699, 0.54492024), (-0.84073754, -0.44078137, 0.31443945)
24generate(-0.49457755, -0.22034843, 0.84073754), (0.38884867, 0.80901699, 0.44078137), (-0.77729644, 0.54492025, -0.31443945)
25generate(-0.69759342, 0.62917037, 0.3427945), (0.62917036, 0.30901699, 0.71319923), (0.3427945, 0.71319924, -0.61142357)
26generate(-0.16609096, 0.98570162, 0.02839233), (-0.16850024, -0.98570161), (-0.97160767, -0.16850024, 0.16609096)
27generate(0.77185095, 0.62917037, 0.09160111), (0.35653125, -0.30901699, -0.88169947), (-0.52643288, 0.71319924, -0.46283396)
28generate(0.74577094, -0.22034843, 0.62870683), (0.22034843, -0.80901699, -0.54492024), (0.62870683, 0.54492025, -0.55478793)
29generate(-0.20828931, -0.38884867, 0.89744765), (-0.38884867, -0.80901699, -0.44078137), (0.89744765, -0.44078137, 0.0173063)
30generate(-0.77185095, 0.35653125, 0.52643288), (-0.62917036, -0.30901699, -0.71319923), (-0.09160111, -0.88169948, 0.46283396)
詳細Deposited coord. are the asym. unit of an icosahedral virus capsid. The crystal asym. unit contains 30 copies of deposited coord. (half virus capsid). Biological unit is an icosahedral virus particle, which contains 60 copies of deposited coord.

-
要素

#1: タンパク質
p81


分子量: 60696.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: corn earworm, Lepidoptera, Noctuidae, MG8 (mid gut) cell line
由来: (天然) Providence virus (ウイルス) / 株: BCIRL-HZ / 参照: UniProt: Q80IX5
#2: タンパク質
p81


分子量: 7447.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: corn earworm, Lepidoptera, Noctuidae, MG8 (mid gut) cell line
由来: (天然) Providence virus (ウイルス) / 株: BCIRL-HZ / 参照: UniProt: Q80IX5
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1179.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 ul of 7mg/ml virus solution (20mM Tris pH 7.5) added to 2 ul of 100mM Tris pH 7.5, 0.5-1.5% PEG8000, 10-100mM NaCl. Plates about 0.1 mm in size appear in 1-4 weeks., vapor diffusion, ...詳細: 2 ul of 7mg/ml virus solution (20mM Tris pH 7.5) added to 2 ul of 100mM Tris pH 7.5, 0.5-1.5% PEG8000, 10-100mM NaCl. Plates about 0.1 mm in size appear in 1-4 weeks., vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
120mM Tris11
2100mM Tris12
3PEG800012
4NaCl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 3.6 / 数: 354357 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Χ2: 0.91 / D res high: 3.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 272211 / % possible obs: 29.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
8.18502910.0721.213
6.498.183010.1480.95
5.676.4929.710.190.792
5.165.6730.110.1860.811
4.795.1630.410.1750.849
4.54.793010.1710.861
4.284.529.910.1790.856
4.094.2829.810.1960.834
3.944.0928.710.2160.764
3.83.9428.210.2490.755
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 272211 / % possible obs: 29.6 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Χ2: 0.906 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 25858 / Χ2: 0.755 / % possible all: 28.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ohf

1ohf


解像度: 3.8→49.42 Å / Data cutoff high absF: 54374.6 / Data cutoff high rms absF: 54374.6 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: not used / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Subunit A in the publication is represented by chains A and B; subunit B is represented by chains C and D; subunit C is represented by chains E and F; and subunit D is represented by chains G ...詳細: Subunit A in the publication is represented by chains A and B; subunit B is represented by chains C and D; subunit C is represented by chains E and F; and subunit D is represented by chains G and H. Cross-validation not used due to 30-fold non-crystallographic symmetry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.285 ---
all0.285 263822 --
obs0.285 263822 28.6 %-
Rfree---not used
溶媒の処理溶媒モデル: flat / Bsol: 0.52 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.945 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.452 Å20 Å2-3.085 Å2
2--6.198 Å20 Å2
3----0.746 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16549 77 2 6 16634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0682.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used% reflection obs (%)
3.8-3.970.3093X-RAY DIFFRACTION29998826.1
3.97-4.180.2913X-RAY DIFFRACTION337328
4.18-4.440.2821X-RAY DIFFRACTION333908
4.44-4.790.2715X-RAY DIFFRACTION340558
4.79-5.270.2715X-RAY DIFFRACTION334788
5.27-6.030.2891X-RAY DIFFRACTION335468
6.03-7.590.2791X-RAY DIFFRACTION320928
7.59-49.420.2825X-RAY DIFFRACTION299988
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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