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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qmy | ||||||
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タイトル | Quinone Reductase 2 in complex with adrenochrome | ||||||
要素 | Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / quinone reductase 2 / adrenochrome / Parkinson's Disease / Cytoplasm / FAD / Flavoprotein / Metal-binding / Polymorphism / Zinc | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Fu, Y. / Buryanovskky, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Quinone Reductase 2 regulates Catecholamine oxidation 著者: Zhang, Z. / Fu, Y. / Buryanovskky, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qmy.cif.gz | 113.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qmy.ent.gz | 87.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qmy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qmy_validation.pdf.gz | 964.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qmy_full_validation.pdf.gz | 978.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qmy_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qmy_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qmy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25849.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO2, NMOR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P16083, EC: 1.10.99.2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate (1.2-2 M), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 18160 / Num. obs: 17150 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 11 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||||||||
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Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.732 / Packing: 0.607
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 64.518 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.945 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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