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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qkv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the C645S Mutant of the 5th PDZ Domain of InaD | ||||||
要素 | Inactivation-no-after-potential D protein | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ DOMAIN / SCAFFOLDING PROTEIN / Membrane / Sensory transduction / Vision | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / cellular response to light stimulus / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction ...myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / cellular response to light stimulus / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction / visual perception / sensory perception of sound / protein localization / signaling receptor complex adaptor activity / calmodulin binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Ranganathan, R. / Socolich, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007 タイトル: Dynamic Scaffolding in a G Protein-Coupled Signaling System. 著者: Mishra, P. / Socolich, M. / Wall, M.A. / Graves, J. / Wang, Z. / Ranganathan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qkv.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qkv.ent.gz | 36.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qkv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is unknown. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10320.834 Da / 分子数: 2 / 断片: 5th PDZ domain / 変異: C645S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: inaD / プラスミド: pGEX-5X-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24008 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.3M Na Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 36464 / % possible obs: 99.9 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 51.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.55→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→30 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.888 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
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Xplor file |
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