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- PDB-2qkt: Crystal Structure of the 5th PDZ domain of InaD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qkt
タイトルCrystal Structure of the 5th PDZ domain of InaD
要素Inactivation-no-after-potential D protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ DOMAIN / SCAFFOLDING PROTEIN / DISULFIDE-BOND / Membrane / Sensory transduction / Vision / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / cellular response to light stimulus / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction ...myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / cellular response to light stimulus / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction / visual perception / sensory perception of sound / intracellular protein localization / signaling receptor complex adaptor activity / calmodulin binding
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactivation-no-after-potential D protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ranganathan, R. / Socolich, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Dynamic Scaffolding in a G Protein-Coupled Signaling System.
著者: Mishra, P. / Socolich, M. / Wall, M.A. / Graves, J. / Wang, Z. / Ranganathan, R.
履歴
登録2007年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactivation-no-after-potential D protein
B: Inactivation-no-after-potential D protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4222
ポリマ－19,4222
非ポリマー00
水2,756153
1
A: Inactivation-no-after-potential D protein

A: Inactivation-no-after-potential D protein

B: Inactivation-no-after-potential D protein

B: Inactivation-no-after-potential D protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8454
ポリマ－38,8454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/41
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-1/41
Buried area4600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.740, 95.740, 48.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is unknown.

-
要素

#1: タンパク質 Inactivation-no-after-potential D protein


分子量: 9711.200 Da / 分子数: 2 / 断片: 5th PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: inaD / プラスミド: pGEX-5X-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24008
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.3M Sodium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極OTHER11.54
回転陽極OTHER21.54
回転陽極OTHER31.54
回転陽極OTHER41.54
検出器
タイプID検出器日付
MAC Science DIP-20301IMAGE PLATE1997年8月30日
RIGAKU RAXIS II2IMAGE PLATE1998年3月4日
RIGAKU RAXIS II3IMAGE PLATE1998年3月4日
MAC Science DIP-20304IMAGE PLATE1998年3月23日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 14738 / % possible obs: 99.7 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 0.443
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Rsym value: 0.153 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS0.3精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.05→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1082751.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 737 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs-14640 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å20 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----4.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 0 0 153 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 124 5.2 %
Rwork0.226 2275 -
obs-2399 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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