PDB-2qk5: Structure of BACE1 bound to SCH626485

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qk5

タイトル

Structure of BACE1 bound to SCH626485

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / BACE1 / protease / Alternative splicing / Aspartyl protease / Glycoprotein / Membrane / Transmembrane / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Strickland, C.O. / Iserloh, U.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
著者: Iserloh, U. / Wu, Y. / Cumming, J.N. / Pan, J. / Wang, L.Y. / Stamford, A.W. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Chen, X. / Parker, E.M. / Strickland, C. / Voigt, J.

履歴

登録	2007年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qk5.cif.gz	193.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qk5.ent.gz	150.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qk5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qk5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2qk5_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	2qk5_validation.cif.gz	71.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qmdC 2qmfC 2qp8C 2qkj PDB 未公開エントリ 2qmg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l58-1 3kmy-2 6bfw-1 6bfd-1 2p4j-2 4j0t-d 2djf-d 6bfe-1 4lxa-1 4r8y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.485, 89.204, 131.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 分子量: 43939.559 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain, residues 55-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-CS5 / N'-{(1S,2R)-1-(3,5-DIFLUOROBENZYL)-2-HYDROXY-3-[(3-METHOXYBENZYL)AMINO]PROPYL}-5-METHYL-N,N-DIPROPYLISOPHTHALAMIDE 分子量: 581.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₁F₂N₃O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic

放射

モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 69080 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.152 / Χ²: 1.029 / Net I/σ(I): 5

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	0.489	6840	0.979	100
2.07-2.15	0.437	6827	0.998	100
2.15-2.25	0.363	6829	1.014	100
2.25-2.37	0.323	6849	1.02	100
2.37-2.52	0.296	6858	1.017	100
2.52-2.71	0.228	6904	1	100
2.71-2.99	0.168	6891	1.01	100
2.99-3.42	0.108	6950	1.017	100
3.42-4.31	0.066	6993	1.078	100
4.31-50	0.054	7139	1.146	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / FOM work R set: 0.818 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	2653	5.1 %
R_work	0.19	-	-
obs	-	52092	99.7 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.283 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.446 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.164 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6148	0	84	1088	7320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.604
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		3

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.2-2.21	0.211	60	0.217	1009	1069
2.21-2.23	0.353	50	0.224	971	1021
2.23-2.25	0.249	49	0.221	941	990
2.25-2.26	0.233	64	0.205	989	1053
2.26-2.28	0.271	53	0.207	970	1023
2.28-2.3	0.254	58	0.221	957	1015
2.3-2.31	0.284	39	0.214	1000	1039
2.31-2.33	0.253	68	0.205	970	1038
2.33-2.35	0.266	51	0.226	991	1042
2.35-2.37	0.25	55	0.199	951	1006
2.37-2.39	0.215	41	0.205	992	1033
2.39-2.41	0.294	56	0.205	981	1037
2.41-2.43	0.29	41	0.221	984	1025
2.43-2.45	0.305	47	0.221	974	1021
2.45-2.48	0.216	61	0.188	1005	1066
2.48-2.5	0.272	52	0.203	966	1018
2.5-2.53	0.226	61	0.191	973	1034
2.53-2.55	0.269	50	0.205	987	1037
2.55-2.58	0.231	50	0.201	986	1036
2.58-2.61	0.215	47	0.21	982	1029
2.61-2.64	0.267	53	0.197	991	1044
2.64-2.67	0.214	59	0.19	966	1025
2.67-2.7	0.309	49	0.219	1011	1060
2.7-2.74	0.231	51	0.209	966	1017
2.74-2.77	0.264	61	0.214	961	1022
2.77-2.81	0.268	53	0.207	988	1041
2.81-2.85	0.251	49	0.201	972	1021
2.85-2.89	0.209	62	0.186	1000	1062
2.89-2.94	0.241	52	0.179	968	1020
2.94-2.99	0.22	59	0.175	997	1056
2.99-3.04	0.228	43	0.213	988	1031
3.04-3.09	0.297	56	0.195	1000	1056
3.09-3.15	0.202	52	0.188	974	1026
3.15-3.22	0.199	60	0.196	988	1048
3.22-3.29	0.238	43	0.209	1005	1048
3.29-3.36	0.215	55	0.19	992	1047
3.36-3.45	0.206	51	0.183	999	1050
3.45-3.54	0.178	52	0.17	996	1048
3.54-3.64	0.193	63	0.17	968	1031
3.64-3.76	0.19	50	0.166	1019	1069
3.76-3.9	0.236	61	0.169	983	1044
3.9-4.05	0.183	44	0.147	1006	1050
4.05-4.24	0.199	52	0.151	999	1051
4.24-4.46	0.189	62	0.142	1002	1064
4.46-4.74	0.206	56	0.135	1013	1069
4.74-5.11	0.154	48	0.157	1015	1063
5.11-5.62	0.178	56	0.17	1021	1077
5.62-6.43	0.257	55	0.195	1027	1082
6.43-8.1	0.281	42	0.236	1054	1096
8.1-500.01	0.269	51	0.239	991	1042

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	parasch626485.pro	topsch626485.pro
X-RAY DIFFRACTION	2	MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	MSI_CNX_TOPPAR:ion.param	MSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:protein.top

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