PDB-2qj0: Structure of the yeast U-box-containing ubiquitin ligase Ufd2p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qj0

タイトル

Structure of the yeast U-box-containing ubiquitin ligase Ufd2p

要素

Ubiquitin conjugation factor E4

キーワード

LIGASE / helical hairpin

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to ethanol / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin ligase complex / protein K48-linked ubiquitination / ERAD pathway / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Tu, D. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Inaugural Article: Structure and function of the yeast U-box-containing ubiquitin ligase Ufd2p.
著者: Tu, D. / Li, W. / Ye, Y. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2007年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qj0.cif.gz	204 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qj0.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/2qj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/2qj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qizC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qiz-d 5yb1-d 23354 21683 6i02-d 2fhd-2 12184 0258 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin conjugation factor E4

113 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.795, 122.798, 178.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin fusion degradation protein 2 / UB fusion protein 2 分子量: 113213.789 Da / 分子数: 1 / 変異: S102L, D677V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: UFD2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P54860
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 20% PEG 3350, 0.3M tri-ammonium citrate (pH 7.2), 0.1M sodium chloride, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.2	1	1
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2	0.97920, 0.97895, 0.91837

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年7月19日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年7月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal, Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	flat mirror (vertical focusing), single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9792	1
3	0.97895	1
4	0.91837	1

反射

解像度: 2.74→50 Å / Num. all: 37483 / Num. obs: 37483 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 19

反射シェル

解像度: 2.74→2.84 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2834 / R_sym value: 0.398 / % possible all: 74.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The native data was really collected to 2.65 A. But in order to have a cutoff of I/sigma >= 2.0, the authors chose to report only to 2.74 A in the paper. However during refinement, all data were used.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	3396	-	random
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.237	34316	87.4 %	-
all	-	39248	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.7 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.51 Å	0.42 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.67 Å	0.55 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7567	0	0	94	7661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.74 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	146	-
R_work	0.341	-	-
obs	-	1372	32.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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