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- PDB-2qiy: yeast Deubiquitinase Ubp3 and Bre5 cofactor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qiy
タイトルyeast Deubiquitinase Ubp3 and Bre5 cofactor complex
要素
  • UBP3-associated protein BRE5
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3
キーワードSignaling protein/hydrolase / deubiquitylation / ubiquitin-specific processing proteases(UBPs) / NTF2 / protein-protein recognition / Hydrolase / Thiol protease / Ubl conjugation pathway / Phosphorylation / RNA-binding / Signaling protein-hydrolase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubp3-Bre5 deubiquitination complex / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / ribophagy / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus / regulation of response to osmotic stress / Termination of translesion DNA synthesis / negative regulation of mitophagy / protein deubiquitination / stress granule assembly ...Ubp3-Bre5 deubiquitination complex / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / ribophagy / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus / regulation of response to osmotic stress / Termination of translesion DNA synthesis / negative regulation of mitophagy / protein deubiquitination / stress granule assembly / P-body / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / ribonucleoprotein complex / cysteine-type endopeptidase activity / mRNA binding / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ...Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UBP3-associated protein BRE5 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Li, K. / Liu, X. / Marmorstein, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular basis for bre5 cofactor recognition by the ubp3 deubiquitylating enzyme.
著者: Li, K. / Ossareh-Nazari, B. / Liu, X. / Dargemont, C. / Marmorstein, R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for interaction between the Ubp3 deubiqutinating enzyme and its Bre5 cofactor
著者: Li, K. / Zhao, K. / Ossareh-Nazari, B. / Da, G. / Dargemont, C. / Marmorstein, R.
履歴
登録2007年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBP3-associated protein BRE5
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3
B: UBP3-associated protein BRE5
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8984
ポリマ－45,8984
非ポリマー00
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.100, 90.240, 101.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UBP3-associated protein BRE5 / Brefeldin-A sensitivity protein 5


分子量: 17675.080 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BRE5 / プラスミド: pGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53741
#2: タンパク質・ペプチド Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3 / Ubiquitin thioesterase 3 / Ubiquitin-specific-processing protease 3 / Deubiquitinating enzyme 3


分子量: 5273.989 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 190-233 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBP3 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01477, EC: 3.1.2.15
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9
詳細: 10%(w/v) PEG 20000, 100mM Bicine, 2% Dioxan, pH 9.0, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→49.45 Å / Num. all: 59376 / Num. obs: 50599 / 冗長度: 3.9 %
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1ZX2

1zx2


解像度: 1.69→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.354 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22458 5681 10.1 %RANDOM
Rwork0.20659 ---
obs0.2084 50599 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 0 220 2800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9473570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28624125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43815453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.121512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21855
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.871.51627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40222575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24131147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2464.5995
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.735 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 286 -
Rwork0.231 2804 -
obs--85.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74550.035-0.85651.74350.15121.0545-0.0201-0.1499-0.12740.23050.0465-0.05380.10230.1184-0.0264-0.03640.015-0.0091-0.0380.0114-0.0595.98822.071616.3398
22.4721-0.3286-1.16080.7026-0.81965.699-0.15640.0319-0.0724-0.0401-0.0802-0.2416-0.02340.21660.2366-0.10390.01560.0035-0.03730.00210.001619.979820.37392.8462
31.04090.4559-0.29412.69970.62771.73010.1084-0.05890.27310.00960.08550.0236-0.27570.058-0.1939-0.0315-0.00940.0813-0.0884-0.0405-0.02067.071144.384716.4141
47.11230.6737-1.30782.02130.8434.5550.17880.64880.2045-0.72580.1826-0.2209-0.48390.2002-0.36140.0883-0.06560.157-0.12880.0158-0.087114.957645.6305-1.3435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 1439 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2CB206 - 23021 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3BC4 - 14510 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4DD206 - 23021 - 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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