PDB-2qhq: Crystal structure of unknown function protein VPA0580

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qhq

タイトル

Crystal structure of unknown function protein VPA0580

要素

Unknown function protein VPA0580

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Vibrio parahaemolyticus / unknown function protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

pseudo Tubby roll / vpa0580 domain like / HopJ type III effector protein / Type III effector HopJ superfamily / HopJ type III effector protein / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / ACETATE ION / Type III effector

機能・相同性情報

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Chang, C. / Kim, Y. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of unknown function protein VPA0580.
著者: Chang, C. / Kim, Y. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qhq.cif.gz	69.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qhq.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3op5-4 3f9n-d 3fxx-d 2j9m-d 6inl-d 6guh-d 5kmo-d 4fkv-d 2r3n-d 2bhe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86649

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Unknown function protein VPA0580

B: Unknown function protein VPA0580

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.796, 80.851, 87.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Unknown function protein VPA0580 分子量: 14321.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA0580 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q87IM6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M Sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 25661 / Num. obs: 25191 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 44.87
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 14.55 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→30.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 4.041 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20926	1285	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17009	-	-	-
obs	0.17215	23845	99.38 %	-
all	-	23845	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→30.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1927	0	4	276	2207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.966	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.945	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.824	26.106	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.244	15	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.017	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.877	1.5	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	2	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.339	3	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.504	4.5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	97	-
R_work	0.179	1679	-
obs	-	-	97.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4717	7.4595	3.9805	6.5682	3.5049	1.8703	-0.1891	0.9843	0.1372	-0.2752	0.3705	-0.0052	-0.2088	0.2825	-0.1814	0.0305	-0.0104	0.0096	0.0576	0.0346	0.0614	33.0506	76.8245	9.2534
2	0.5243	-0.0544	0.2862	0.6018	0.1465	1.3141	0.0341	0.0311	-0.024	0.0288	-0.0053	-0.0347	0.0403	0.0083	-0.0287	-0.0246	-0.0031	0.0083	-0.0195	-0.0057	-0.0233	34.5892	59.6766	10.1603
3	3.3781	-2.4489	0.1326	2.5328	0.1123	0.6643	0.0076	-0.1062	-0.0127	-0.0329	-0.0159	0.1526	0.0519	-0.0624	0.0083	-0.0242	-0.031	0.0144	-0.0277	-0.0072	-0.0281	27.2985	45.0495	31.3068
4	0.9555	-0.2789	-0.3078	0.5331	0.1809	0.5698	-0.0121	0.0281	0.0418	0.0312	-0.0033	-0.0125	-0.0079	-0.0457	0.0154	-0.0171	0.0002	-0.0059	-0.0175	0.0033	-0.0238	26.9692	61.7499	33.95

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 24	6 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	25 - 122	28 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 24	4 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	25 - 122	28 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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