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万見
- PDB-2qh6: Crystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qh6
タイトルCrystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Complexed with an Oxabicyclic diarylethylene Compound
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Protein-Ligand Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 ...Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / nuclear glucocorticoid receptor binding / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of female receptivity / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / DNA polymerase binding / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / response to progesterone / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ODE / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Shi, Y. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. ...Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Shi, Y. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. / Katzenellenbogen, B.S. / Kim, Y. / Joachmiak, A. / Greene, G.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: NFkappaB selectivity of estrogen receptor ligands revealed by comparative crystallographic analyses
著者: Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Gil, G. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. / Katzenellenbogen, B.S. / Kim, Y. / Joachmiak, A. / Greene, G.L.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7826
ポリマ－61,9334
非ポリマー8492
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.765, 81.718, 58.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29386.609 Da / 分子数: 2 / 断片: Steroid-binding region, residues 298-554 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BN74, UniProt: Q61026*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ODE / DIETHYL (1R,2S,3R,4S)-5,6-BIS(4-HYDROXYPHENYL)-7-OXABICYCLO[2.2.1]HEPT-5-ENE-2,3-DICARBOXYLATE


分子量: 424.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9734 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: bent cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9734 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 13294 / Num. obs: 13294 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Χ2: 2.933 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique all: 1332 / Rsym value: 0.546 / Χ2: 2.078 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ERD

3erd


解像度: 2.7→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 33.042 / SU ML: 0.315 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 691 5.2 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.209 13275 97.74 %-
all-13275 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å2-0.56 Å2
2--4.93 Å20 Å2
3----3.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3845 0 62 3 3910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.921.9915424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.28723.908174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.91815761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.4521523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2120.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.22114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.22785
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6651.52444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44423852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.59831732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3724.51572
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 49 -
Rwork0.282 910 -
obs-959 98.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89340.26390.90361.259-0.30031.7482-0.0431-0.1134-0.0054-0.0080.04150.0052-0.0902-0.0240.00160.13830.00060.04330.1206-0.01860.057-22.5611.241532.5387
22.3408-0.22811.04361.0256-0.57761.2042-0.0285-0.00150.0247-0.0075-0.0255-0.0541-0.01030.06940.05410.14120.00930.04970.1077-0.04110.0481-22.2898-1.891623.554
31.6014-0.3351-0.28820.840.15011.0998-0.0170.0209-0.0503-0.08360.0271-0.0202-0.0362-0.0482-0.010.1517-0.00930.02380.093-0.01520.0543-12.8886-1.81883.1685
43.8784-0.1487-0.01150.23740.31140.41730.106-0.1005-0.01510.03170.0045-0.0124-0.00310.0083-0.11050.1263-0.00940.01990.13340.01040.0549-17.66250.855310.0364
51.3602-4.993.069627.2629-18.324612.4978-1.2810.6595-2.8357-0.351.077-0.9366-0.94971.29180.2040.32870.1402-0.1190.2193-0.21780.3924-14.369-17.279137.9856
6119.337133.7503-0.158893.6683-42.913621.84580.5135-5.3473-3.33272.8674-2.6567-2.0127-0.552-1.30032.14310.2693-0.0964-0.08920.00640.3110.1066-20.9974-17.089640.8271
746.48745.96658.122626.7833-8.703927.4798-0.1147-0.70112.51410.7071-0.874-0.8674-1.39662.05470.98870.3257-0.06590.01210.0204-0.04770.2695-1.311115.89524.0825
828.0708-15.066111.438624.91420.193345.8672-0.22722.69843.4301-1.88830.3158-3.622-0.9522-0.8203-0.08860.2724-0.07730.0461-0.2020.15370.4919-5.115516.2504-1.9369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA304 - 4608 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2AA461 - 548165 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3BB305 - 4619 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4BB473 - 547177 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5CC687 - 6912 - 6
6X-RAY DIFFRACTION6CC692 - 6967 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7DD687 - 6912 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8DD692 - 6967 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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