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- PDB-2qh1: Structure of TA289, a CBS-rubredoxin-like protein, in its Fe+2-bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qh1
タイトルStructure of TA289, a CBS-rubredoxin-like protein, in its Fe+2-bound state
要素Hypothetical protein Ta0289
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CBS-rubredoxin-like protein / Fe+2 / Hypothetical protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF1936 / Hypothetical protein Ta0289, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1936) / Archaeal CBS protein, (ACP)-type metal binding domain / Archaeal CBS proteins (ACP)-type metal binding (MB) domain profile. / : / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...Domain of unknown function DUF1936 / Hypothetical protein Ta0289, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1936) / Archaeal CBS protein, (ACP)-type metal binding domain / Archaeal CBS proteins (ACP)-type metal binding (MB) domain profile. / : / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CBS domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Singer, A.U. / Proudfoot, M. / Brown, G. / Xu, L. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural characterization of a novel family of cystathionine beta-synthase domain proteins fused to a Zn ribbon-like domain.
著者: Proudfoot, M. / Sanders, S.A. / Singer, A. / Zhang, R. / Brown, G. / Binkowski, A. / Xu, L. / Lukin, J.A. / Murzin, A.G. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Savchenko, A.V. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Ta0289
B: Hypothetical protein Ta0289
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0434
ポリマ－44,9322
非ポリマー1122
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.806, 63.031, 97.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Ta0289 / Cystathionine Beta-Synthase (CBS) domain protein


分子量: 22465.840 Da / 分子数: 2 / 変異: S109P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 遺伝子: Ta0289 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon-Plus RP / 参照: UniProt: Q9HLD9
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: crystals were grown in a 1:1 solution of protein to resevoir containing 0.1 M Tris HCl (pH 7.8), 0.2 M ammonium formate, 20 % PEG 3350, and 8 % glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月20日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 25194 / Num. obs: 24893 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 52.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 13.6 / Num. unique all: 2466 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PVM

1pvm


解像度: 2→19.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1776005.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1194 4.8 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.204 25113 --
obs0.202 24672 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.1997 Å2 / ksol: 0.311421 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----0.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 2 345 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 204 5.2 %
Rwork0.223 3745 -
obs-3949 96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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