+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qev | ||||||
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Title | Crystal Structure of Anopheles gambiae D7r4 | ||||||
Components | D7R4 Protein | ||||||
Keywords | LIGAND BINDING PROTEIN / All-helical / Odorant-binding protein | ||||||
Function / homology | Pheromone/general odorant binding protein domain / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Short form salivary protein D7R4 Function and homology information | ||||||
Biological species | Anopheles gambiae (African malaria mosquito) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.998 Å | ||||||
Authors | Andersen, J.F. / Mans, B.J. / Calvo, E. / Ribeiro, J.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2007 Title: The Crystal Structure of D7r4, a Salivary Biogenic Amine-binding Protein from the Malaria Mosquito Anopheles gambiae Authors: Mans, B.J. / Calvo, E. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qev.cif.gz | 41.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qev.ent.gz | 30.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qev.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qev | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17099.857 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Anopheles gambiae (African malaria mosquito) Strain: G3 / Gene: D7r4 / Plasmid: pET17B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q9BIH3 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 20 % PEG 6000, 0.1 M Tris HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9791533 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2005 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791533 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | D res high: 2.5 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 99.9
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.998→62.62 Å / Num. all: 11190 / Num. obs: 11190 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.341 / Net I/σ(I): 18.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.998→2.07 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 941 / Χ2: 0.905 / % possible all: 84.3 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.49 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.4 / FOM acentric: 0.408 / FOM centric: 0.31 / Reflection: 5940 / Reflection acentric: 5448 / Reflection centric: 492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.49 Å / Lowest resolution: 50 Å / Reflection centric: 492
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 5940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.998→62.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 11.1 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.167 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.093 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.998→62.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.3779 Å / Origin y: -22.4167 Å / Origin z: 0.7442 Å
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