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- PDB-2qdl: Crystal structure of scaffolding protein TtCheW from Thermoanaero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qdl
タイトルCrystal structure of scaffolding protein TtCheW from Thermoanaerobacter tengcongensis
要素Chemotaxis signal transduction protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
CheA-289, Domain 4 / Chemotaxis protein CheW / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...CheA-289, Domain 4 / Chemotaxis protein CheW / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis signal transduction protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yao, W. / Shi, L. / Liang, D.C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of scaffolding protein CheW from thermoanaerobacter tengcongensis.
著者: Yao, W. / Shi, L. / Liang, D.C.
履歴
登録2007年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis signal transduction protein
B: Chemotaxis signal transduction protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3865
ポリマ－37,1092
非ポリマー2763
水1,856103
1
A: Chemotaxis signal transduction protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8314
ポリマ－18,5551
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chemotaxis signal transduction protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5551
ポリマ－18,5551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.214, 62.235, 55.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis signal transduction protein


分子量: 18554.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / プラスミド: pETM10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RBV8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M acetate buffer (pH 5.4), 0.2M Sodium Nitrate, 10% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.8 Å / Num. obs: 14589 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.286 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CH4

2ch4


解像度: 2.2→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.504 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23278 764 5 %RANDOM
Rwork0.19423 ---
obs0.19619 14589 95.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.05 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 18 103 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.9963256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4555298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.73725.28189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94415456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.572157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5221.51548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96322471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7643936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2394.5785
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 55 -
Rwork0.221 1017 -
obs--93.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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