PDB-2qd0: Crystal structure of mitoNEET

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qd0

タイトル

Crystal structure of mitoNEET

要素

Zinc finger CDGSH domain-containing protein 1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / iron-sulfur cluster / [2FE-2S] / HISTIDINE LIGATION

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine transaminase / L-cysteine:2-oxoglutarate transaminase activity / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / protein maturation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Lin, J. / Zhou, T. / Ye, K. / Wang, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human mitoNEET reveals distinct groups of iron sulfur proteins.
著者: Lin, J. / Zhou, T. / Ye, K. / Wang, J.

履歴

登録	2007年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qd0.cif.gz	48.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qd0.ent.gz	33.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f1s-d 3nsu-1 3ino-3 5o9k-2 3g7m-d 2rfl-8 4uzv-d 4eyt-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Zinc finger CDGSH domain-containing protein 1

B: Zinc finger CDGSH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

19.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.838, 59.139, 65.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The asymmetric unit contains an intertwined homodimer which represents the biological assembly.

#1: タンパク質	Zinc finger CDGSH domain-containing protein 1 分子量: 9379.791 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-108, soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCD1, C10orf70 / プラスミド: PET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZ45
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.28	46.02
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	8	100 mM Tris-HCl, 18% PEG 3350 , 200 mM KI., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.4	100 mM Tris-HCl, 30% PEG 2000 ,100 mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007	1	1.5418
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU		2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2006年5月19日	mirrors
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年7月6日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1	1

Reflection

冗長度: 9.6 % / Av σ(I) over netI: 17.3 / 数: 102047 / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 1.3 / D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 10656 / % possible obs: 88.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.39	20	100	1	0.043	1.824	10.1
4.3	5.39	100	1	0.039	1.583	11.2
3.76	4.3	100	1	0.039	1.37	11.5
3.42	3.76	100	1	0.045	1.264	11.4
3.17	3.42	100	1	0.054	1.272	11.4
2.99	3.17	100	1	0.068	1.244	11.5
2.84	2.99	100	1	0.095	1.186	11.4
2.71	2.84	100	1	0.108	1.163	11.2
2.61	2.71	100	1	0.141	1.228	10.9
2.52	2.61	99.5	1	0.155	1.223	10.1
2.44	2.52	99.5	1	0.189	1.144	9.8
2.37	2.44	95.1	1	0.241	1.162	9.4
2.31	2.37	91.6	1	0.255	1.227	8.8
2.25	2.31	85.6	1	0.271	1.32	8
2.2	2.25	81.8	1	0.306	1.164	7.8
2.15	2.2	74.9	1	0.304	1.179	7.1
2.11	2.15	69.7	1	0.373	1.292	6.4
2.07	2.11	64.5	1	0.312	1.442	5.3
2.03	2.07	54.8	1	0.341	1.308	4.5
2	2.03	41.5	1	0.354	1.184	3.5

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 15523 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Χ²: 0.882 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	5.4	0.216	616	0.484	1,2	76.8
1.83-1.86	6	0.205	638	0.488	1,2	81.7
1.86-1.9	5.8	0.198	691	0.553	1,2	84.9
1.9-1.94	6.2	0.17	718	0.619	1,2	90.9
1.94-1.98	6.1	0.136	769	0.569	1,2	94.1
1.98-2.03	6.3	0.137	774	0.613	1,2	97.9
2.03-2.08	6.4	0.123	797	0.774	1,2	99.6
2.08-2.13	6.7	0.103	796	0.676	1,2	99.9
2.13-2.2	6.8	0.087	819	0.739	1,2	100
2.2-2.27	6.8	0.086	792	0.859	1,2	100
2.27-2.35	6.8	0.071	805	0.869	1,2	100
2.35-2.44	6.8	0.071	823	1.001	1,2	100
2.44-2.55	6.9	0.067	797	1.223	1,2	100
2.55-2.69	6.8	0.069	799	1.314	1,2	100
2.69-2.86	6.7	0.066	818	1.106	1,2	100
2.86-3.08	6.7	0.059	830	0.999	1,2	100
3.08-3.39	6.5	0.048	825	1.004	1,2	100
3.39-3.88	6.1	0.035	831	1.228	1,2	99.8
3.88-4.88	6.3	0.031	839	1.005	1,2	98
4.88-50	5.4	0.036	746	1.075	1,2	82

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.29 Å / D res low: 19.65 Å / FOM : 0.311 / FOM acentric: 0.341 / FOM centric: 0 / 反射: 13978

Phasing MAD set

R cullis: 0.628 / R cullis acentric: 0.599 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.033 / R kraut acentric: 0.033 / R kraut centric: 0.03 / 最高解像度: 2.29 Å / 最低解像度: 19.65 Å / FOM : 0.318 / FOM acentric: 0.351 / FOM centric: 0 / Loc: 6.118 / Loc acentric: 6.131 / Loc centric: 6.071 / Power: 1.763 kW / Power acentric: 1.711 / Power centric: 2.222

Phasing MAD set

波長: 1.5418 Å / Atom type: FE / F double prime refined: 3.44 / F prime refined: -1.18

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis	R cullis acentric	R kraut	R kraut acentric	R kraut centric	FOM	FOM acentric	Loc	Loc acentric	Loc centric	Power (kW)	Power acentric	Power centric
1	4.56-19.65	0.387	0.35	0.029	0.027	0.038	0.466	0.57	6.157	6.172	6.229	3.435	3.37	3.712
2	3.63-4.56	0.523	0.494	0.02	0.02	0.018	0.431	0.483	5.641	5.646	5.682	2.255	2.277	2.054
3	3.17-3.63	0.578	0.552	0.023	0.023	0.026	0.417	0.458	4.939	4.941	4.953	2.024	2.043	1.814
4	2.88-3.17	0.676	0.648	0.032	0.032	0.029	0.357	0.389	5.228	5.23	5.253	1.597	1.607	1.478
5	2.68-2.88	0.794	0.765	0.043	0.044	0.027	0.281	0.303	6.024	6.027	6.057	1.167	1.177	1.029
6	2.52-2.68	0.844	0.813	0.056	0.057	0.035	0.214	0.231	6.858	6.859	6.87	0.868	0.868	0.871
7	2.39-2.52	0.868	0.841	0.072	0.075	0.029	0.162	0.172	7.198	7.199	7.215	0.707	0.707	0.7
8	2.29-2.39	0.909	0.879	0.083	0.087	0.031	0.13	0.139	7.613	7.615	7.635	0.565	0.567	0.525

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射
4.56-19.65	0.4569	0.5559	1808
3.63-4.56	0.4305	0.4822	1846
3.17-3.63	0.4165	0.4569	1846
2.88-3.17	0.3553	0.3859	1827
2.68-2.88	0.2779	0.2992	1809
2.52-2.68	0.209	0.2244	1794
2.39-2.52	0.154	0.1631	1671
2.29-2.39	0.124	0.1315	1377

Phasing dm

Delta phi final: 9.34 / Delta phi initial: 64.82 / FOM : 0.919 / Mask type: RMS / 手法: FLIP / 反射: 14612

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
4.39-20	5.931	0.956	2093
3.49-4.39	7.075	0.951	2090
3.05-3.49	10.773	0.904	2093
2.77-3.05	10.891	0.858	2085
2.57-2.77	10.227	0.859	2090
2.42-2.57	10.164	0.914	2098
2.3-2.42	10.341	0.995	2063

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
CNS		精密化
DENZO		データ削減
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.81→21.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 5.695 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	739	5 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	14902	91.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→21.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1074	0	8	95	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.888	1.94	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.679	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.065	25.085	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.192	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.664	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	1.5	715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.214	2	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.939	3	504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.877	4.5	436

LS精密化シェル

解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	22	-
R_work	0.209	787	-
obs	-	809	68.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6496	6.8165	-0.5069	22.2677	-1.2459	7.3882	0.1119	-0.499	-0.2599	2.662	0.1769	-1.223	-0.2724	0.3649	-0.2887	0.0512	0.0608	-0.1909	-0.0411	-0.0226	-0.1292	9.064	-5.917	-7.689
2	1.714	4.9414	1.9615	16.4536	2.7849	5.9756	0.1558	-0.1479	-0.3914	1.4182	-0.1177	0.0451	0.2221	-0.3308	-0.0381	-0.072	0.0167	-0.0187	-0.075	0.0277	-0.1079	3.971	-14.128	-10.759
3	21.427	-5.2132	6.749	13.8053	-1.4317	5.3221	0.0058	0.3996	0.0242	-0.4744	0.0732	1.2533	0.1643	-0.1322	-0.079	-0.2027	-0.0368	-0.0505	-0.1443	0.0315	-0.0585	-4.984	-8.613	-19.727
4	22.6519	5.2727	13.5274	58.7808	33.9193	37.1218	-0.2997	-0.9151	-0.641	-3.5886	-1.0102	3.6896	-3.4214	-1.7871	1.3099	0.2761	0.1548	0.0677	0.1629	0.1781	0.6959	-16.587	-1.502	-19.112
5	0.2726	-0.9212	-1.2583	10.321	2.065	6.4717	0.1711	0.2632	0.0417	0.889	-0.1378	1.2268	0.1454	-0.0492	-0.0333	-0.1887	0.0003	0.1023	-0.1543	0.0191	-0.0561	-4.145	0.827	-13.824
6	10.4594	3.4127	0.6877	15.349	1.1013	7.089	0.2693	-0.6347	0.1314	2.0293	0.0214	0.2836	0.3268	0.0618	-0.2908	0.1363	0.0464	0.0762	-0.1346	0.0018	-0.2523	0.883	-3.371	-6.674
7	4.1096	2.1582	4.5507	17.2059	-5.2361	11.7753	-0.0547	-0.4401	-0.2069	1.836	0.0814	1.7269	0.2588	-0.7258	-0.0267	-0.0812	-0.0351	0.245	-0.0871	0.0285	-0.0307	-5.929	-3.361	-8.843
8	25.8971	13.5006	-0.6386	7.6351	2.4999	13.4575	-0.0695	-0.6544	-0.0692	2.398	-0.1313	0.3397	0.5258	-0.2324	0.2007	0.3487	0.0434	0.0863	-0.0453	-0.0247	-0.1398	1.251	5.107	-4.015
9	17.3152	-1.2942	8.8857	31.5759	-10.0123	23.3769	-0.0316	-0.9991	0.3023	3.3581	0.0304	-0.9219	-0.9736	-0.2666	0.0012	0.2658	0.0353	-0.1601	-0.1172	-0.0823	-0.1437	7.029	8.372	-5.111
10	30.8606	4.3216	16.4673	9.714	3.425	13.2975	-0.3558	0.0085	0.8519	-0.2803	0.0008	1.8048	-0.3995	-0.5123	0.355	-0.1837	0.0364	0.0103	-0.1108	0.0352	0.1444	-8.973	5.556	-18.327
11	15.8525	-7.2894	25.2321	3.3518	-11.6024	40.1615	-0.2502	0.4316	0.5502	-1.1134	-0.5996	0.1426	-0.7939	1.0323	0.8498	0.5081	0.0028	-0.1024	0.4384	0.0521	0.1549	16.649	3.885	-0.666
12	5.1418	-3.5079	0.6766	20.0372	4.5845	3.3453	-0.0607	0.1794	0.4113	0.401	0.1654	-1.3415	-0.0606	0.2453	-0.1047	-0.2196	-0.004	-0.0157	-0.102	-0.0172	-0.0465	8.859	10.295	-15.258
13	12.4842	4.1851	8.6776	11.8341	5.8099	8.7794	-0.1468	-0.0649	0.2034	-0.2435	-0.0364	1.1626	-0.1268	-0.1974	0.1832	-0.2584	-0.0181	-0.0131	-0.1527	-0.0063	-0.0313	-4.122	8.746	-18.62
14	1.8132	-0.7418	5.9059	42.6727	22.4979	33.8874	0.2588	0.4848	-0.9345	-2.502	-0.8845	1.8644	-1.0943	0.0417	0.6257	0.1502	0.0389	-0.4563	0.0883	-0.0256	0.2921	-11.781	2.128	-28.899
15	6.413	-1.3858	4.8797	12.0354	-1.3249	10.2651	-0.1048	0.271	-0.0906	-0.7976	0.1954	0.6807	-0.1227	-0.2492	-0.0906	-0.2377	0.0118	-0.0292	-0.1207	0.01	-0.203	-1.539	-2.112	-23.321
16	7.8193	-2.1471	4.341	8.6393	1.3733	7.7602	0.0198	0.2186	0.2097	-0.4389	0.0787	-0.7951	-0.365	0.6412	-0.0984	-0.1975	-0.0341	0.0628	-0.118	-0.0152	-0.1397	7.687	3.028	-21.308
17	7.9691	-4.765	3.5128	12.0682	-3.2859	3.6485	0.1424	0.3046	-0.0623	-1.1281	-0.0104	-0.8463	0.0902	0.3792	-0.132	-0.1897	-0.0106	0.0935	-0.0887	-0.0188	-0.1595	8.142	-2.743	-23.017
18	28.2844	3.7481	-2.4048	24.0699	9.2609	28.2359	0.5607	0.7206	-0.379	-0.0939	-0.0078	-2.3189	0.2999	1.9752	-0.5529	-0.2584	0.0847	-0.0461	-0.0188	-0.0067	0.1278	15.459	-8.682	-16.504
19	14.1589	-3.6033	11.999	11.512	-5.5391	10.7516	0.2429	0.2026	-0.441	0.0584	0.153	-0.1014	0.2414	-0.0366	-0.3958	-0.2108	0.0501	0.0164	-0.1372	-0.0373	-0.1934	4.395	-7.251	-16.688
20	34.7679	-1.2995	11.0181	17.173	1.9873	28.9208	-0.1742	0.3921	-1.3298	-1.2409	0.0067	2.4045	0.39	-1.6188	0.1676	-0.0618	-0.0375	-0.298	-0.0539	-0.0005	0.2534	-10.456	-6.586	-26.233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	43 - 48	14 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 54	20 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	55 - 62	26 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	63 - 68	34 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	69 - 74	40 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	75 - 78	46 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	79 - 84	50 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	85 - 90	56 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	91 - 97	62 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	98 - 106	69 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	38 - 44	9 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	45 - 54	16 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	55 - 61	26 - 32
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	62 - 67	33 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	68 - 73	39 - 44
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	74 - 80	45 - 51
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	81 - 90	52 - 61
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	91 - 95	62 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	96 - 101	67 - 72
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	102 - 106	73 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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