+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qcb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T7-tagged full-length streptavidin complexed with ruthenium ligand | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | BIOTIN BINDING PROTEIN / streptavidin / t7-tag / artificial transfer hydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Le Trong, I. / Creus, M. / Pordea, A. / Ward, T.R. / Stenkamp, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008 タイトル: X-ray structure and designed evolution of an artificial transfer hydrogenase 著者: Creus, M. / Pordea, A. / Rossel, T. / Sardo, A. / Letondor, C. / Ivanova, A. / Letrong, I. / Stenkamp, R.E. / Ward, T.R. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 600 | HETEROGEN The ligand KYS has considerable molecular motion and disorder. The Ruthenium metal is not ...HETEROGEN The ligand KYS has considerable molecular motion and disorder. The Ruthenium metal is not modeled in confomer B. The SO2N group attached to the linker has rotational disorder and has been modeled as conformer C. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qcb.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2qcb.ent.gz | 49.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qcb_validation.pdf.gz | 961.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2qcb_full_validation.pdf.gz | 966 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qcb_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qcb_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qcb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||
詳細 | The biological assembly is a tetramer generated by the deposited chain and three additional subunits generated by application of these crystallographic symmetry operations: 1-x,1-y,z; y,x,-z; 1-y,1-x,-z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16612.119 Da / 分子数: 1 / 変異: S112K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) プラスミド: Pet11B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-KYS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: protein, 26 mg/ml in water. 4-5x molar excess of ligand. reservoir, 1.0 M sodium citrate, 0.1 M cacodylate buffer, pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→50 Å / Num. all: 21478 / Num. obs: 21478 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 63.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 650 / Χ2: 1.069 / % possible all: 27.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.651 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.954 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
|