PDB-2qbz: Structure of the M-Box Riboswitch Aptamer Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qbz

タイトル

Structure of the M-Box Riboswitch Aptamer Domain

要素

M-Box RNA, ykoK riboswitch aptamer

キーワード

RNA / riboswitch / ykoK / M-Box / RNA sensor / Noncoding RNA

機能・相同性

: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Dann III, C.E. / Winkler, W.C.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structure and mechanism of a metal-sensing regulatory RNA
著者: Dann III, C.E. / Wakeman, C.A. / Sieling, C.L. / Baker, S.C. / Irnov, I. / Winkler, W.C.

履歴

登録	2007年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qbz.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qbz.ent.gz	74.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qbz_validation.pdf.gz	405.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qbz_full_validation.pdf.gz	415.7 KB	表示
XML形式データ	2qbz_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	2qbz_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/2qbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/2qbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fvu-d 4k7k-2 4k7k-1 4k34-2 5nf3-d 1woy-d 2y5b-2 1nl0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

X: M-Box RNA, ykoK riboswitch aptamer

ヘテロ分子

52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.655, 101.081, 285.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: RNA鎖	M-Box RNA, ykoK riboswitch aptamer 分子量: 51810.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence naturally appears in Bacillus subtilis. It was produced by T7 RNA pol in vitro transcription. 参照: GenBank: 32468738
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.39	63.72
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.4	HEPES, MPD, Spermine, KCl, MgCl2 over 35 % MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.2	HEPES, MPD, Spermine, CsCl, MgCl2 over 35 % MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	HEPES	1	1
2	MPD	1	1
3	MPD	1	2
4	Spermine	1	1
5	KCl	1	1
6	MgCl2	1	1
7	HEPES	2	1
8	MPD	2	1
9	MPD	2	2
10	Spermine	2	1
11	CsCl	2	1
12	MgCl2	2	1

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID		1	0.9786
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年4月17日
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2006年6月17日	osmic mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SILICON 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9786	1
2	1.5418	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
4.2	1	6.2	105203	0.107	0.92	2.5	25174	98.6
3.1	2	10	39137	0.111	1.22	2.9	12532	76.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.38	50	97.7	1	0.066	0.754	4
4.27	5.38	99.8	1	0.083	0.873	4.1
3.73	4.27	99.7	1	0.085	0.923	4.2
3.39	3.73	99.8	1	0.101	0.95	4.2
3.15	3.39	99.6	1	0.115	0.968	4.3
2.96	3.15	99.5	1	0.154	0.964	4.3
2.82	2.96	99.4	1	0.254	0.913	4.3
2.69	2.82	99.2	1	0.372	0.925	4.3
2.59	2.69	98.5	1	0.414	0.938	4.2
2.5	2.59	92.7	1	0.573	0.985	4
6.24	50	67.3	2	0.065	1.718	3.5
4.96	6.24	73.1	2	0.072	1.576	3.4
4.33	4.96	74.8	2	0.084	1.158	3.4
3.94	4.33	76.8	2	0.103	1.136	3.3
3.65	3.94	77.7	2	0.124	1.148	3.3
3.44	3.65	78.5	2	0.151	1.04	3.1
3.27	3.44	80.3	2	0.174	1.073	3
3.12	3.27	79.3	2	0.21	1.106	2.9
3	3.12	80	2	0.311	1.034	2.8
2.9	3	80.5	2	0.459	1.009	2.6

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 22584 / Num. obs: 22584 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / R_sym value: 0.107 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2202 / R_sym value: 0.401 / Χ²: 1.046 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 24487

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.25-100	61	0.792	508
7.31-9.25	63.5	0.832	510
6.35-7.31	59.2	0.821	519
5.75-6.35	58.9	0.863	531
5.29-5.75	55.3	0.874	568
4.93-5.29	61.8	0.872	610
4.63-4.93	59.9	0.856	663
4.38-4.63	61.2	0.871	680
4.17-4.38	65.9	0.882	754
3.99-4.17	62.6	0.897	759
3.82-3.99	64.6	0.904	804
3.68-3.82	66.1	0.896	833
3.55-3.68	66.4	0.899	877
3.44-3.55	71	0.893	888
3.33-3.44	68	0.903	934
3.23-3.33	70.8	0.887	942
3.15-3.23	68.7	0.896	1007
3.06-3.15	72.6	0.88	979
2.99-3.06	76.2	0.867	1042
2.92-2.99	79.1	0.834	1066
2.85-2.92	88.7	0.82	1060
2.79-2.85	89.2	0.789	1117
2.73-2.79	90.3	0.794	1113
2.68-2.73	90.1	0.778	1146
2.63-2.68	90.5	0.792	1184
2.58-2.63	91	0.799	1186
2.5-2.58	88.7	0.697	2207

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 2.5→37.85 Å

ID	Der set-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1	0	0	21921	2566
ISO_2	2	1.488	1.228	10450	1260

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
10.74	37.85	ISO_1	0	0	217	113
7.75	10.74	ISO_1	0	0	407	120
6.38	7.75	ISO_1	0	0	539	115
5.54	6.38	ISO_1	0	0	652	131
4.97	5.54	ISO_1	0	0	762	122
4.54	4.97	ISO_1	0	0	838	124
4.21	4.54	ISO_1	0	0	926	131
3.94	4.21	ISO_1	0	0	1000	126
3.72	3.94	ISO_1	0	0	1064	126
3.53	3.72	ISO_1	0	0	1146	128
3.37	3.53	ISO_1	0	0	1199	135
3.22	3.37	ISO_1	0	0	1260	130
3.1	3.22	ISO_1	0	0	1322	136
2.99	3.1	ISO_1	0	0	1356	133
2.88	2.99	ISO_1	0	0	1415	135
2.79	2.88	ISO_1	0	0	1473	136
2.71	2.79	ISO_1	0	0	1517	130
2.63	2.71	ISO_1	0	0	1571	141
2.56	2.63	ISO_1	0	0	1597	130
2.5	2.56	ISO_1	0	0	1660	124
10.74	37.85	ISO_2	2.193	1.407	150	74
7.75	10.74	ISO_2	2.406	1.602	286	81
6.38	7.75	ISO_2	2.279	1.846	396	79
5.54	6.38	ISO_2	2.099	1.455	476	87
4.97	5.54	ISO_2	1.956	1.86	557	86
4.54	4.97	ISO_2	1.764	1.552	616	86
4.21	4.54	ISO_2	1.701	1.26	684	90
3.94	4.21	ISO_2	1.592	1.113	758	83
3.72	3.94	ISO_2	1.483	1.095	794	87
3.53	3.72	ISO_2	1.336	0.983	869	91
3.37	3.53	ISO_2	1.193	0.806	915	86
3.22	3.37	ISO_2	1.084	0.752	953	88
3.1	3.22	ISO_2	1.049	0.702	1003	87
2.99	3.1	ISO_2	0.935	0.636	1012	83
2.88	2.99	ISO_2	0.829	0.525	981	72
2.79	2.88	ISO_2	0	0	0	0
2.71	2.79	ISO_2	0	0	0	0
2.63	2.71	ISO_2	0	0	0	0
2.56	2.63	ISO_2	0	0	0	0
2.5	2.56	ISO_2	0	0	0	0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→47.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 15.412 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1131	5.1 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
all	0.204	22181	-	-
obs	0.204	22181	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.551 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3263	10	135	3408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	3	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.279	0.2	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.332	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.8	1.5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.126	3	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.603	4.5	5683

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	79	-
R_work	0.323	1515	-
obs	-	1594	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.35	0.3829	4.0837	1.1082	1.4473	4.3514	0.1859	-0.3331	-0.779	0.2156	-0.0396	0.0455	0.0117	-0.1047	-0.1463	0.0682	-0.048	-0.0182	-0.0194	0.0755	0.332	13.19	10.872	69.482
2	3.4515	0.136	1.5259	1.6232	0.4775	1.4737	0.0956	-0.3276	0.7073	-0.053	0.0314	-0.171	-0.0953	-0.2174	-0.127	0.0066	0.0153	0.0463	-0.0064	-0.0753	0.1951	29.265	31.938	90.431
3	9.2466	-2.7668	0.636	6.6257	-1.8331	3.5046	-1.3365	-1.4987	0.5444	1.5417	0.871	-0.8318	-1.1015	-1.7865	0.4654	0.2788	0.3759	-0.2323	0.5055	-0.5426	-0.0365	34.771	39.904	120.377
4	2.628	0.1187	1.2912	0.9914	0.817	1.6622	0.0966	-0.3632	0.0083	0.0027	0.0519	-0.2114	0.2123	0.0557	-0.1485	-0.0093	0.0263	-0.0126	0.0753	-0.0213	0.1725	41.458	15.618	96.804
5	2.3007	-0.2405	0.3737	0.2438	-0.0023	0.84	0.0829	-0.7297	-0.0285	-0.0069	0.0159	-0.0646	0.0774	-0.1872	-0.0989	0.0123	-0.0179	-0.008	0.188	0.0114	0.1036	29.691	18.549	99.166
6	3.8437	0.1896	2.2863	1.0709	-0.1072	6.5637	-0.6183	-1.5726	1.0761	1.0336	0.2146	-0.2889	-0.857	-1.1786	0.4037	0.1958	0.3133	-0.2747	0.7562	-0.6055	0.0166	39.387	37.127	121.263
7	3.413	0.3712	0.2376	1.9651	-0.2784	0.0705	0.1197	-0.2159	0.3967	-0.0135	-0.0808	-0.1003	0.109	-0.1969	-0.0389	-0.0193	0.004	0.0442	-0.0475	-0.0095	0.2335	28.525	30.093	84.555
8	2.6381	-1.4938	1.2832	0.8637	-0.5581	2.2113	0.1493	-0.1457	-0.3444	-0.0818	0.1737	0.3536	0.3667	-0.1195	-0.3229	0.0742	-0.042	-0.0624	-0.0924	0.0474	0.3765	11.418	8.929	70.085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	15 - 24	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	A	25 - 36	11 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	X	A	37 - 49	23 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	A	50 - 75	36 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	X	A	76 - 118	62 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	A	119 - 148	105 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	X	A	149 - 162	135 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	X	A	163 - 175	149 - 161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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