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- PDB-2qbw: The crystal structure of PDZ-Fibronectin fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qbw
タイトルThe crystal structure of PDZ-Fibronectin fusion protein
要素
  • PDZ-Fibronectin fusion protein
  • Polypeptide
キーワードUNKNOWN FUNCTION / fibronectin PDZ
機能・相同性
機能・相同性情報


basal protein localization / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / hemidesmosome / postsynaptic specialization / intermediate filament cytoskeleton organization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle ...basal protein localization / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / hemidesmosome / postsynaptic specialization / intermediate filament cytoskeleton organization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to muramyl dipeptide / basement membrane / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein targeting / Signaling by ERBB2 / RAC1 GTPase cycle / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / basal plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 KD Mutants / structural constituent of cytoskeleton / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Downregulation of ERBB2 signaling / cell junction / cellular response to tumor necrosis factor / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to lipopolysaccharide / cell adhesion / intracellular signal transduction / nuclear speck / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huang, J. / Makabe, K. / Koide, A. / Koide, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Design of protein function leaps by directed domain interface evolution.
著者: Huang, J. / Koide, A. / Makabe, K. / Koide, S.
履歴
登録2007年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ-Fibronectin fusion protein
B: Polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8862
ポリマ－21,8862
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.818, 79.350, 119.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

21A-394-

HOH

詳細The biological assembly is heterodimer of chain A and chain B.

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要素

#1: タンパク質 PDZ-Fibronectin fusion protein / Erbb2-interacting protein / Erbin / Densin-180-like protein


分子量: 20959.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2IP / プラスミド: pET system / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RT1
#2: タンパク質・ペプチド Polypeptide


分子量: 927.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1M (NH4)2HPO4, 0.1M Tris-HCl, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23897 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 5.78 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.932 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 1163 5 %RANDOM
Rwork0.16787 ---
obs0.16971 22043 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2--2.43 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1527 0 0 214 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9572142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80333212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4185198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37823.97168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18615233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.188158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1581.51266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2511.5406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96221604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4953771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3764.5536
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 90 -
Rwork0.18 1637 -
obs--96.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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