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- PDB-2qag: Crystal structure of human septin trimer 2/6/7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qag
タイトルCrystal structure of human septin trimer 2/6/7
要素
  • Septin-2
  • Septin-6
  • Septin-7
キーワードCELL CYCLE / STRUCTURAL PROTEIN / Cell division / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Acetylation / Alternative splicing / Coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


septin collar / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium ...septin collar / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / cell division site / axoneme / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / cilium assembly / axon terminus / stress fiber / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin 2 / Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Septin-6 / Septin-2 / Septin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Sirajuddin, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural insight into filament formation by mammalian septins.
著者: Sirajuddin, M. / Farkasovsky, M. / Hauer, F. / Kuhlmann, D. / Macara, I.G. / Weyand, M. / Stark, H. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2007年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-2
B: Septin-6
C: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7476
ポリマ－139,3373
非ポリマー1,4103
水00
1
A: Septin-2
B: Septin-6
C: Septin-7
ヘテロ分子

A: Septin-2
B: Septin-6
C: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,49412
ポリマ－278,6746
非ポリマー2,8196
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)252.515, 252.515, 156.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
詳細The biological assembly is a hexamer, but hexamer is divided by crystallographic symmetry, trimer occupies the asymmetric unit. Trimer model was generated from Sept2 (2QA5, submitted recently).

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要素

#1: タンパク質 Septin-2 / Protein NEDD5


分子量: 41550.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21 / 参照: UniProt: Q15019
#2: タンパク質 Septin-6


分子量: 48948.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT6, KIAA0128, SEP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14141
#3: タンパク質 Septin-7 / CDC10 protein homolog


分子量: 48837.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT7, CDC10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16181
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 86.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.07188 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 42485 / 冗長度: 16.2 % / Rsym value: 0.229 / Net I/σ(I): 11.42
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.98 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4→49.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.796 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.787 / SU B: 82.738 / SU ML: 0.616 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.7 / ESU R Free: 0.54
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Sept6 (Chain B) and Sept7 (Chain C) will have poly-alanine stretches due low resolution.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.39208 2125 5 %RANDOM
Rwork0.37554 ---
obs0.37637 40358 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.93 Å20 Å20 Å2
2---14.93 Å20 Å2
3---29.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→49.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4407 0 88 0 4495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0570.0224612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.7191.9546311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.8755681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg51.52425.25897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg30.80315461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.216156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2470.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4750.23293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3750.22772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.4030.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3390.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7471.53815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84425299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.27631223
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1234.51012
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4→4.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 156 -
Rwork0.467 2948 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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