PDB-2q9k: Crystal structure of a putative oxidoreductase (exig_1997) from e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q9k

タイトル

Crystal structure of a putative oxidoreductase (exig_1997) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.59 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Split barrel-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / Unknown ligand / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein / :

機能・相同性情報

生物種

Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of conserved uncharacterized protein (ZP_00539648.1) from Exiguobacterium sp. 255-15 at 1.59 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q9k.cif.gz	48.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q9k.ent.gz	33.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q9k_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q9k_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	2q9k_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	2q9k_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/2q9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/2q9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bei-d 4evs-d 4ej0-6 3uo6-1 4f07-4 5f49-2 3k1g-8 2pdo-3 4eyk-d 6b7j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 375036

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.314, 56.314, 95.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-217- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 17282.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum (バクテリア) 株: 255-15 / 遺伝子: ZP_00539648.1, ExigDRAFT_1246 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q41CU9, UniProt: B1YJ68*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NANODROP, 0.17M Sodium acetate, 25.5% PEG 4000, 15.0% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97908

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97908	1

反射

解像度: 1.59→26.997 Å / Num. obs: 24172 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.182 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.59-1.63	6.7	0.832	0.9	11754	1753	0.832	100
1.63-1.68	7.3	0.661	1.2	12547	1729	0.661	99.9
1.68-1.72	7.2	0.512	1.5	12001	1664	0.512	100
1.72-1.78	7.3	0.4	1.9	11747	1619	0.4	100
1.78-1.84	7.2	0.296	2.6	11209	1549	0.296	100
1.84-1.9	7.2	0.214	3.5	11037	1525	0.214	100
1.9-1.97	7.3	0.171	4.3	10736	1479	0.171	100
1.97-2.05	7.2	0.133	5.4	10244	1414	0.133	100
2.05-2.14	7.2	0.113	6.2	9854	1361	0.113	100
2.14-2.25	7.2	0.098	7.1	9469	1312	0.098	100
2.25-2.37	7.2	0.084	8	9034	1251	0.084	100
2.37-2.51	7.2	0.077	8.4	8603	1188	0.077	100
2.51-2.69	7.2	0.075	8.5	8037	1120	0.075	100
2.69-2.9	7.1	0.069	9.3	7450	1045	0.069	100
2.9-3.18	7.1	0.06	10.2	6834	960	0.06	100
3.18-3.56	7	0.052	11.8	6187	882	0.052	100
3.56-4.11	7	0.053	11.4	5501	789	0.053	100
4.11-5.03	6.8	0.047	13.3	4582	673	0.047	100
5.03-7.11	6.6	0.043	13.7	3582	543	0.043	100
7.11-26.997	5.9	0.039	15	1869	316	0.039	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.59→26.997 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.75 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.099
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1232	5.1 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.206	24135	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→26.997 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1160	0	11	107	1278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.96	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.961	3	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.651	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.594	15	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.551	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.294	1.5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.315	1.5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.836	2	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.546	3	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.598	4.5	461

LS精密化シェル

解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	76	-
R_work	0.296	1669	-
obs	-	1745	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.028 Å / Origin y: 41.305 Å / Origin z: 0.987 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0469 Å²	0.0198 Å²	0.0291 Å²	-	-0.0695 Å²	0.001 Å²	-	-	-0.0573 Å²
L	2.3041 °²	-0.8257 °²	-0.4616 °²	-	1.2989 °²	-0.262 °²	-	-	1.4517 °²
S	-0.0684 Å °	-0.0392 Å °	-0.0959 Å °	0.1387 Å °	0.0944 Å °	0.1316 Å °	-0.1722 Å °	-0.0265 Å °	-0.026 Å °

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