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- PDB-2q89: Crystal structure of EhuB in complex with hydroxyectoine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q89
タイトルCrystal structure of EhuB in complex with hydroxyectoine
要素Putative ABC transporter amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Compatible solutes / substrate-binding proteins / ABC-transporters / osmoprotection
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoine binding / ectoine transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Ectoine/Hydroxyectoine ABC transporter, substrate-binding protein EhuB / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6CS / : / Cystine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hanekop, N. / Hoeing, M. / Sohn-Bosser, L. / Jebbar, M. / Schmitt, L. / Bremer, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the ligand-binding protein EhuB from Sinorhizobium meliloti reveals substrate recognition of the compatible solutes ectoine and hydroxyectoine.
著者: Hanekop, N. / Hoing, M. / Sohn-Bosser, L. / Jebbar, M. / Schmitt, L. / Bremer, E.
履歴
登録2007年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter amino acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7736
ポリマ－27,1651
非ポリマー6085
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.135, 57.135, 161.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative ABC transporter amino acid-binding protein / EhuB


分子量: 27164.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92WC8
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-6CS / (4S,5S)-5-HYDROXY-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / 5-ヒドロキシエクトイン


分子量: 158.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: sodium acetate PEG Cadmium chloride, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 12062 / % possible obs: 95.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.340.2025670.78196.3
2.34-2.380.2146200.801196.6
2.38-2.430.1925730.846196.8
2.43-2.480.1866110.533196.5
2.48-2.530.1715650.936196.3
2.53-2.590.1446070.826196.7
2.59-2.650.1315840.89196.7
2.65-2.730.1326070.923196.2
2.73-2.810.1035930.953196.6
2.81-2.90.0936150.987197.2
2.9-30.0796001.011197.2
3-3.120.0736041.209197.1
3.12-3.260.0645981.199196.8
3.26-3.430.0556191.235197.2
3.43-3.650.0476080.939197
3.65-3.930.0436260.733196.5
3.93-4.320.0386140.723196.2
4.32-4.930.0356350.914196.5
4.93-6.180.0366410.893194.4
6.18-200.0355750.847178.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 13.556 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 589 4.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.236 12046 95.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----2.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 15 57 1978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.041.9862637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5235256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81224.93779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65815330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5231512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.290
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3381.51322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58222041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.813697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4194.5596
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 43 -
Rwork0.241 809 -
obs-852 96.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5860.44610.01211.5266-0.16961.63270.03370.07670.03580.0487-0.0034-0.0186-0.1142-0.0031-0.0303-0.09250.02790.0025-0.0021-0.0047-0.023624.273828.653122.942
22.08030.6246-1.29021.8723-0.35931.75490.0095-0.0614-0.07310.09690.0237-0.074-0.0251-0.002-0.0332-0.0512-0.0206-0.0081-0.03210.0056-0.046813.868113.345141.1483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 981 - 99
2X-RAY DIFFRACTION1AA200 - 256201 - 257
3X-RAY DIFFRACTION2AA99 - 199100 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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