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- PDB-2q81: Crystal Structure of the Miz-1 BTB/POZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q81
タイトルCrystal Structure of the Miz-1 BTB/POZ domain
要素Miz-1 protein
キーワードTRANSCRIPTION / BTB/POZ domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / gastrulation with mouth forming second / regulation of immune system process / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / gastrulation with mouth forming second / regulation of immune system process / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stead, M.A. / Trinh, C.H. / Garnett, J.A. / Carr, S.B. / Edwards, T.A. / Wright, S.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: A Beta-Sheet Interaction Interface Directs the Tetramerisation of the Miz-1 POZ Domain
著者: Stead, M.A. / Trinh, C.H. / Garnett, J.A. / Carr, S.B. / Baron, A.J. / Edwards, T.A. / Wright, S.C.
履歴
登録2007年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Miz-1 protein
B: Miz-1 protein
C: Miz-1 protein
D: Miz-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4785
ポリマ－52,2844
非ポリマー1941
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA, PQS
2
A: Miz-1 protein
B: Miz-1 protein
C: Miz-1 protein
D: Miz-1 protein
ヘテロ分子

A: Miz-1 protein
B: Miz-1 protein
C: Miz-1 protein
D: Miz-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,95610
ポリマ－104,5688
非ポリマー3882
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area20070 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area36740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.535, 128.522, 116.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a tetramer

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要素

#1: タンパク質
Miz-1 protein / Zinc finger and BTB domain-containing protein 17 / Zinc finger protein 151 / Myc-interacting zinc ...Zinc finger and BTB domain-containing protein 17 / Zinc finger protein 151 / Myc-interacting zinc finger protein


分子量: 13071.004 Da / 分子数: 4 / 断片: BTB domain, residues 2-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB17, MIZ1, ZNF151 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q13105
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 20% PEG 400, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.26 Å / Num. all: 28942 / Num. obs: 28911 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 31.314 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 4177 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2nn2

2nn2


解像度: 2.1→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 8.685 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1456 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 28747 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3552 0 13 239 3804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.9484958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1835465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97225.976169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31515629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.156154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22548
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6671.52373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0823691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62331419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4944.51262
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 116 -
Rwork0.188 1936 -
obs-2052 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1128-0.75-0.54053.0810.6821.60070.0541-0.11730.06110.3602-0.14650.2291-0.1538-0.26910.09240.0809-0.02180.02950.1065-0.0389-0.05323.90126.256247.4601
22.86850.4685-1.03963.8448-0.37781.09920.0806-0.19460.3538-0.0194-0.1032-0.661-0.20690.09210.02260.0492-0.0875-0.0365-0.0062-0.03420.14748.514331.979942.497
36.17592.4423-1.99237.6258-0.71013.49050.0365-0.4233-0.9676-0.0518-0.4837-2.02230.43180.81870.4472-0.01940.08130.02180.14330.17820.442153.89234.282841.3613
43.18470.28950.44395.0904-0.96051.5840.1556-0.179-0.5091-0.0701-0.05970.29460.396-0.0583-0.09590.1172-0.0726-0.01280.00810.05350.016229.06-1.1443.4805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1145 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1146 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1145 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 1146 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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